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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5udf
タイトルStructure of the N-terminal domain of lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE from Acinetobacter baumannii
要素Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SSGCID / Acinetobacter baumannii / Lipoprotein-releasing system / LolE / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC/E / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / lipoprotein transport / membrane => GO:0016020 / 細胞膜 / ABC-type transport system
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of the N-terminal domain of lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE from Acinetobacter baumannii
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
B: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
C: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
D: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6634
ポリマ－100,6634
非ポリマー00
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7820 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area33040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.370, 156.370, 91.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 67 through 70 and (name N...
21(chain B and ((resid 67 through 70 and (name N...
31(chain C and ((resid 67 through 70 and (name N...
41(chain D and ((resid 67 through 70 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEU(chain A and ((resid 67 through 70 and (name N...AA67 - 7013 - 16
12ASNASN(chain A and ((resid 67 through 70 and (name N...AA67 - 27713 - 223
13ASNASN(chain A and ((resid 67 through 70 and (name N...AA67 - 27713 - 223
14ASNASN(chain A and ((resid 67 through 70 and (name N...AA67 - 27713 - 223
15ASNASN(chain A and ((resid 67 through 70 and (name N...AA67 - 27713 - 223
21LEULEU(chain B and ((resid 67 through 70 and (name N...BB67 - 7013 - 16
22PHEPHE(chain B and ((resid 67 through 70 and (name N...BB67 - 27613 - 222
23PHEPHE(chain B and ((resid 67 through 70 and (name N...BB67 - 27613 - 222
24PHEPHE(chain B and ((resid 67 through 70 and (name N...BB67 - 27613 - 222
25PHEPHE(chain B and ((resid 67 through 70 and (name N...BB67 - 27613 - 222
31LEULEU(chain C and ((resid 67 through 70 and (name N...CC67 - 7013 - 16
32THRTHR(chain C and ((resid 67 through 70 and (name N...CC67 - 27113 - 217
33THRTHR(chain C and ((resid 67 through 70 and (name N...CC67 - 27113 - 217
34THRTHR(chain C and ((resid 67 through 70 and (name N...CC67 - 27113 - 217
35THRTHR(chain C and ((resid 67 through 70 and (name N...CC67 - 27113 - 217
41LEULEU(chain D and ((resid 67 through 70 and (name N...DD67 - 7013 - 16
42THRTHR(chain D and ((resid 67 through 70 and (name N...DD67 - 27113 - 217
43THRTHR(chain D and ((resid 67 through 70 and (name N...DD67 - 27113 - 217
44THRTHR(chain D and ((resid 67 through 70 and (name N...DD67 - 27113 - 217
45THRTHR(chain D and ((resid 67 through 70 and (name N...DD67 - 27113 - 217

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要素

#1: タンパク質
Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE


分子量: 25165.861 Da / 分子数: 4 / 断片: AcbaC.18885.a.B2 / 変異: UNP residues 63-284 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: lolC, lolE, ABUW_0974, LV38_03997 / プラスミド: AcbaC.18885.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D5YFP2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Native data set: Microlytic MCSG1 screen H6: 3.5M Sodium formate, 100mM Sodium Acetate / HCl pH 4.6: AcbaC.18885.a.B2.PS02462 at 14.5mg/ml, cryo: 20% EG, tray 265717h6, puck xck3-10. SeMet ...詳細: Native data set: Microlytic MCSG1 screen H6: 3.5M Sodium formate, 100mM Sodium Acetate / HCl pH 4.6: AcbaC.18885.a.B2.PS02462 at 14.5mg/ml, cryo: 20% EG, tray 265717h6, puck xck3-10. SeMet data set: Microlytic MCSG1 screen H6 optimization: 3M Sodium formate, 100mM Sodium Acetate / HCl pH 4.43: AcbaC.18885.a.B2.PS38034 at 18.0mg/ml, cryo: well D12: 4M Sodium formate, 100mM Sodium Acetate/HCl pH 4.43: tray 265717h6, puck xck3-10

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
シンクロトロンAPS 21-ID-G20.97856
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-3001CCD2016年8月21日
RAYONIX MX-3002CCD2016年12月16日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond [111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Diamond [111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
20.978561
反射解像度: 2.35→45.14 Å / Num. obs: 34401 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.733 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsCC1/2% possible all
2.35-2.413.0230.4992.2924280.70494.7
2.41-2.483.6370.4393.010.79699.5
2.48-2.553.9010.3593.770.86599.9
2.55-2.633.9020.294.60.90999.8
2.63-2.713.910.2315.860.93100
2.71-2.813.90.1787.310.96499.9
2.81-2.913.880.1359.630.976100
2.91-3.033.8650.10711.930.983100
3.03-3.173.8370.08914.250.98899.9
3.17-3.323.7770.06917.540.99399.9
3.32-3.53.7150.05820.20.99599.8
3.5-3.723.7360.04823.160.99699.7
3.72-3.973.7290.04424.930.99699.8
3.97-4.293.7480.0427.090.99798.9
4.29-4.73.6620.03928.870.99699.2
4.7-5.253.660.03929.120.99699.1
5.25-6.073.6030.04128.890.99699.6
6.07-7.433.6640.03829.770.99699.5
7.43-10.513.7340.03231.470.99799.6
10.51-503.5280.03330.90.99898.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
PHENIXdev_2621精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→45 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.32
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2185 2095 6.09 %0
Rwork0.1764 ---
obs0.179 34397 99.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.52 Å2 / Biso mean: 50.8222 Å2 / Biso min: 21.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5975 0 0 117 6092
Biso mean---44.66 -
残基数----815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.828366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9633633
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3257X-RAY DIFFRACTION6.741TORSIONAL
12B3257X-RAY DIFFRACTION6.741TORSIONAL
13C3257X-RAY DIFFRACTION6.741TORSIONAL
14D3257X-RAY DIFFRACTION6.741TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.40470.31651340.24742069220394
2.4047-2.46480.2881330.23692132226599
2.4648-2.53140.29081740.234921432317100
2.5314-2.60590.27451360.226121512287100
2.6059-2.690.28341110.216521922303100
2.69-2.78620.25231220.21422152337100
2.7862-2.89770.27521540.211421362290100
2.8977-3.02960.26961780.197421252303100
3.0296-3.18920.24931680.191421522320100
3.1892-3.3890.21411110.181122042315100
3.389-3.65050.22511070.170821682275100
3.6505-4.01770.21331410.157421632304100
4.0177-4.59860.16071650.14722121228699
4.5986-5.79180.17351190.15552167228699
5.7918-45.14840.20131420.15842164230699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9356-0.0768-0.57864.8312-1.17442.50270.04510.7299-0.1695-0.7466-0.0570.10030.2481-0.40720.04220.3959-0.0684-0.03490.5786-0.02250.3012-11.802731.679513.8897
22.38810.2465-1.49474.4717-1.33573.69890.03490.2606-0.18470.00520.00150.2538-0.22940.3295-0.01660.2645-0.0334-0.01090.3414-0.03110.3005-15.983730.973926.611
33.24150.1518-0.65914.4303-1.35872.4317-0.1049-0.1044-0.40250.44290.18310.59520.0304-0.2416-0.06520.3513-0.03760.08680.3157-0.02380.3712-22.331925.853232.7205
45.0803-0.4743-4.89992.5816-0.55935.1562-0.57820.2702-0.48640.8743-0.59811.48970.0341-0.30531.03140.6918-0.16640.10240.486-0.10770.7904-10.393348.919140.8544
52.44771.1397-0.3315.0111-0.54183.42840.06310.07250.02780.1713-0.02750.155-0.01640.2825-0.02590.2356-0.05-0.0260.3409-0.04860.3116-17.415232.371626.8604
64.5651-0.90331.11465.63570.53431.2623-0.12510.27760.5124-0.1363-0.2678-0.8907-0.03520.29410.35930.3709-0.08050.04780.44190.07680.4717-1.924436.836815.042
73.92271.34320.55212.2690.72312.5619-0.1450.1826-0.63160.22320.0268-0.30140.28050.0554-0.03680.3834-0.02270.0270.35910.00770.45312.254621.754927.4096
82.90481.7361-0.73482.3272-0.97842.24440.0006-0.10590.0154-0.48130.29380.13090.05190.15-0.13510.32090.0439-0.05650.2626-0.05570.283314.136633.919425.8207
92.3248-1.8805-0.14719.4485-0.27163.5194-0.13190.46-0.22530.2635-0.1353-0.27410.28210.060.22010.308-0.02920.05620.3923-0.04130.338117.487534.066421.2268
104.7880.86180.10564.22650.75313.6011-0.20720.20690.5514-0.13640.1273-0.6469-0.2345-0.07120.01860.3717-0.06410.03110.3936-0.0570.474321.755739.870118.0008
117.03020.3176-2.3228.84382.06257.5168-0.0722-0.03440.1557-0.09870.0718-0.0846-0.9037-0.51960.19490.31890.0092-0.01560.35090.01710.309819.532341.374618.8478
123.58051.70130.13564.93960.15343.9530.11250.1532-0.04430.3123-0.128-0.1073-0.0216-0.2854-0.0320.33170.0567-0.01730.2854-0.05260.333516.236231.784927.5957
138.53862.33960.9446.2738-0.31921.71410.4697-0.1027-1.1860.77830.204-0.05180.5375-0.8661-0.4030.4447-0.0835-0.04490.38170.06640.50693.218516.819630.4649
141.1739-1.1498-0.84980.98870.63990.5425-0.4244-0.30750.18640.1020.1144-0.014-0.0779-1.24260.50960.37720.029-0.04660.56470.06480.35161.582327.651331.5968
155.84160.19781.85993.85890.32556.92360.17880.16090.74490.6028-0.04920.1806-0.756-0.406-0.10650.45110.0310.16170.33730.07160.5249-8.086470.546237.7599
164.4680.1375-2.45281.2994-0.73633.06950.17580.12340.29410.4070.110.1651-0.5425-0.1288-0.29040.454-0.01060.03910.29110.02820.35673.427570.991528.7467
174.28430.9159-0.1394.36410.48352.2282-0.027-0.1056-0.29690.0980.009-0.4123-0.0405-0.076-0.0010.3565-0.06170.01550.40560.06150.2948.883664.290324.6311
182.70451.4950.15422.8925-0.00266.81290.2833-0.19630.28620.3327-0.02730.5144-0.5019-0.7671-0.22810.37810.05630.06480.36750.02990.4821-10.702164.785238.9387
191.2082-0.7314-0.95265.92380.20842.76650.1693-0.35270.2890.7103-0.2139-0.6845-0.5996-0.0487-0.03890.598-0.0517-0.16970.4354-0.10190.47566.779155.97557.5068
204.20411.6879-0.07263.9655-0.0282.29030.2343-0.192-0.00180.7493-0.2617-0.11550.15260.20530.10110.2935-0.0013-0.00480.2315-0.09010.2417-0.89947.709954.1512
213.32350.1361.03324.7481-0.79835.2436-0.1410.78680.0081-0.05820.19890.5470.03640.06140.14530.2905-0.01710.02480.2292-0.11050.3597-10.388144.212151.2059
224.22550.7554-0.65585.17060.00172.6003-0.0409-0.10530.15420.29110.020.27920.14870.13560.04770.45310.04240.01570.2958-0.02350.2516-8.008844.486358.3695
232.2520.7668-1.53914.3697-0.28493.07430.0120.2009-0.05580.4581-0.0205-0.1884-0.11240.0735-0.02020.35830.0113-0.10670.2989-0.03380.28310.574549.375555.5134
243.9403-1.6905-2.55399.44271.20724.08230.37950.7305-0.3022-0.1775-0.1485-0.1634-0.14350.1598-0.15210.26250.0417-0.05280.487-0.02670.474411.147155.069847.7617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 67 through 104 )A67 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 142 )A105 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 143 through 184 )A143 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 185 through 196 )A185 - 196
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 244 )A197 - 244
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 245 through 277 )A245 - 277
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 67 through 104 )B67 - 104
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 105 through 120 )B105 - 120
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 121 through 142 )B121 - 142
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 143 through 196 )B143 - 196
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 197 through 212 )B197 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 213 through 244 )B213 - 244
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 245 through 258 )B245 - 258
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 259 through 276 )B259 - 276
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 67 through 104 )C67 - 104
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 105 through 160 )C105 - 160
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 161 through 228 )C161 - 228
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 229 through 271 )C229 - 271
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 67 through 104 )D67 - 104
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 105 through 120 )D105 - 120
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 121 through 132 )D121 - 132
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 133 through 196 )D133 - 196
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 197 through 258 )D197 - 258
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 259 through 271 )D259 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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