PDB-5u47: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Penicillin Binding ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u47

タイトル

1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Penicillin Binding Protein 2X from Streptococcus thermophilus

要素

Penicillin binding protein 2X

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Lipid-Binding Protein / hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

cell cycle / penicillin binding / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Penicillin Binding Protein 2X from Streptococcus thermophilus.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.pdbx_keywords

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u47.cif.gz	290.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u47.ent.gz	232.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u47_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u47_full_validation.pdf.gz	437 KB	表示
XML形式データ	5u47_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	5u47_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/5u47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qmeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1pmd-d 1rp5-2 1rp5-1 5wwn-d 1w59-d 5jbe-1 3ux9-d 5fbl-d 3kas-d 6pag-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07211

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penicillin binding protein 2X

ヘテロ分子

76.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.535, 78.494, 164.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Penicillin binding protein 2X 分子量: 76776.055 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 52-755 / 変異: A551T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス) 株: ATCC BAA-250 / LMG 18311 / 遺伝子: pbp2X, stu1701 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q5M2U8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), Screen: Classics II (G6), 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月30日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 51840 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / CC_1/2: 0.805 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QME

1qme

解像度: 1.95→29.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 7.638 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20966	2547	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16945	-	-	-
obs	0.17146	48993	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.213 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.95→29.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5222	0	9	498	5729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	5422
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.96	7344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.847	3	11751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.247	5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.978	26.036	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.768	15	984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.229	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	6090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.543	2.504	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.528	2.5	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.513	3.74	3513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.515	3.742	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.794	2.705	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.793	2.706	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.89	3.954	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.499	30.742	6299
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.38	30.255	6191
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	183	-
R_work	0.264	3554	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2113	-0.6206	-0.1576	0.6588	0.1694	0.2007	-0.0799	-0.056	-0.02	0.2084	0.1599	-0.1182	0.2181	0.1494	-0.08	0.2694	0.1673	-0.1045	0.1498	-0.1175	0.1576	59.9161	-18.7781	25.8047
2	1.152	-0.7622	-0.1575	0.8124	0.5288	1.0391	-0.0866	-0.0738	-0.1406	0.1922	0.1002	0.0415	0.2294	0.1045	-0.0136	0.0862	0.023	-0.0063	0.0214	-0.0107	0.0633	36.8537	-3.7514	23.645
3	3.0495	-1.0641	-0.0554	1.4371	0.2839	1.1174	-0.0388	-0.3298	0.2027	0.2107	-0.0912	0.246	-0.1643	-0.4787	0.1299	0.0883	0.0713	0.0369	0.3007	-0.1288	0.1219	4.4351	20.0483	28.0354
4	1.087	-0.087	-0.0263	0.4088	0.2027	1.7819	0.0127	0.0017	0.0986	-0.0124	-0.1051	0.0697	-0.172	-0.4365	0.0924	0.0206	0.0376	-0.0049	0.1294	-0.0511	0.0509	13.9599	14.4066	17.9266
5	2.2984	0.2471	-0.5072	1.6368	-0.5175	3.5806	-0.0244	-0.2885	0.1025	0.1528	-0.0931	0.0634	-0.2122	-0.2155	0.1175	0.0828	0.0281	0.007	0.078	-0.0464	0.064	21.1014	17.964	28.6016
6	1.409	-0.2695	0.7656	0.7738	-0.2961	1.0475	0.0233	0.0248	-0.1969	-0.1076	0.0814	0.0739	0.1585	-0.1023	-0.1047	0.0646	-0.0185	-0.0159	0.0639	-0.0424	0.0778	17.9623	-3.4503	1.4994
7	6.1726	1.9046	-0.5072	3.7748	-0.6809	2.5883	-0.1331	0.0807	0.1441	-0.3419	0.0537	0.2107	-0.1627	-0.1715	0.0794	0.0551	0.02	-0.0363	0.0555	-0.0237	0.0303	4.4061	7.4972	-5.6175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	72 - 190
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	191 - 332
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	333 - 393
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	394 - 546
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	547 - 624
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	625 - 720
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	721 - 755

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