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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u0w | ||||||
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タイトル | E. coli dihydropteroate synthase complexed with 9-methylguanine | ||||||
要素 | Dihydropteroate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / E. coli (大腸菌) / DHPS / complex / pterin site / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O6:H1 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.968 Å | ||||||
データ登録者 | Chhabra, S. / Dennis, M.L. / Peat, T.S. / Swarbrick, J.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2018 タイトル: 8-Mercaptoguanine Derivatives as Inhibitors of Dihydropteroate Synthase. 著者: Dennis, M.L. / Lee, M.D. / Harjani, J.R. / Ahmed, M. / DeBono, A.J. / Pitcher, N.P. / Wang, Z.C. / Chhabra, S. / Barlow, N. / Rahmani, R. / Cleary, B. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Aurelio, ...著者: Dennis, M.L. / Lee, M.D. / Harjani, J.R. / Ahmed, M. / DeBono, A.J. / Pitcher, N.P. / Wang, Z.C. / Chhabra, S. / Barlow, N. / Rahmani, R. / Cleary, B. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Aurelio, L. / Shonberg, J. / Graham, B. / Peat, T.S. / Baell, J.B. / Swarbrick, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u0w.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u0w.ent.gz | 91.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u0w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5u0vC 5u0yC 5u0zC 5u10C 5u11C 5u12C 5u13C 5u14C 5v79C 5v7aC 1aj2S 5u0x C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30796.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC) (大腸菌) 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: folP, c3933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AC14, dihydropteroate synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACY / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 16.9% PEG8000 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0 0.143M MgNO3 Protein at 15 mg.mL-1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.968→19.771 Å / Num. obs: 44542 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AJ2 解像度: 1.968→19.771 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.968→19.771 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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