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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5txc | ||||||
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タイトル | AtxE2 Isopeptidase - APO | ||||||
要素 | AtxE2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Lasso Peptide (RiPPs) / Isopeptidase | ||||||
機能・相同性 | 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / serine-type peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / タンパク質分解 / 細胞質 / Lasso peptide isopeptidase AtxE2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Asticcacaulis excentricus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å | ||||||
データ登録者 | Chekan, J.R. / Nair, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016 タイトル: Structure of the Lasso Peptide Isopeptidase Identifies a Topology for Processing Threaded Substrates. 著者: Chekan, J.R. / Koos, J.D. / Zong, C. / Maksimov, M.O. / Link, A.J. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5txc.cif.gz | 273.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5txc.ent.gz | 227.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5txc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78699.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Asticcacaulis excentricus (strain ATCC 15261 / DSM 4724 / VKM B-1370 / CB 48) (バクテリア) 株: ATCC 15261 / DSM 4724 / VKM B-1370 / CB 48 / 遺伝子: Astex_2444 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E8RUP5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 21% PEG3350, 0.4 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月23日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 64978 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 83.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.401→49.716 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.55
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.401→49.716 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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