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- PDB-5tma: Zymomonas mobilis pyruvate decarboxylase mutant PDC-2.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tma
タイトルZymomonas mobilis pyruvate decarboxylase mutant PDC-2.3
要素Pyruvate decarboxylaseピルビン酸デカルボキシラーゼ
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / pyruvate decarboxylase (ピルビン酸デカルボキシラーゼ) / PDC / mutant (ミュータント (人類)) / engineered (工学) / thermostable (耐熱性)
機能・相同性
機能・相同性情報


ピルビン酸デカルボキシラーゼ / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...: / : / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
チアミンピロリン酸 / ピルビン酸デカルボキシラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2018
タイトル: An iterative computational design approach to increase the thermal endurance of a mesophilic enzyme.
著者: Sammond, D.W. / Kastelowitz, N. / Donohoe, B.S. / Alahuhta, M. / Lunin, V.V. / Chung, D. / Sarai, N.S. / Yin, H. / Mittal, A. / Himmel, M.E. / Guss, A.M. / Bomble, Y.J.
履歴
登録2016年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate decarboxylase
B: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,43140
ポリマ－124,8772
非ポリマー3,55338
水18,0871004
1
A: Pyruvate decarboxylase
B: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Pyruvate decarboxylase
B: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,86180
ポリマ－249,7554
非ポリマー7,10776
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area22170 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area67620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.440, 124.440, 173.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-935-

HOH

21A-1038-

HOH

31A-1126-

HOH

41B-969-

HOH

51B-1124-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pyruvate decarboxylase / ピルビン酸デカルボキシラーゼ / PDC


分子量: 62438.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 遺伝子: pdc, ZMO1360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06672, ピルビン酸デカルボキシラーゼ

-
非ポリマー , 5種, 1042分子

#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) / チアミンピロリン酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1004 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 2.4 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54188 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月31日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→101.18 Å / Num. obs: 157603 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.41 % / Rsym value: 0.0721 / Net I/σ(I): 16.57
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 4.98 % / Rmerge(I) obs: 0.7867 / Mean I/σ(I) obs: 16.57 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
Cootモデル構築
PROTEUM PLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2wvg

2wvg


解像度: 1.67→101.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.589 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20269 7707 4.9 %RANDOM
Rwork0.17038 ---
obs0.17201 149303 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.67→101.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8567 0 206 1004 9777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0199420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9421.95912843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.086320459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3751220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.56625.149404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.095151515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0691537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02110887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2332.2044757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2322.2044756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9683.2926018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9683.2936019
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2142.5664663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2142.5664663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7293.6996826
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.05528.22111132
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.93227.61610841
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.669→1.712 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 523 -
Rwork0.363 10311 -
obs--93.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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