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- PDB-5tg3: Crystal Structure of Dioclea reflexa seed lectin (DrfL) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tg3
タイトルCrystal Structure of Dioclea reflexa seed lectin (DrfL) in complex with X-Man
要素Dioclea reflexa lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin (レクチン) / Dioclea Reflexa / DrfL / X-Man
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / manganese ion binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XMM / レクチン
類似検索 - 構成要素
生物種Dioclea reflexa (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.765 Å
データ登録者Santiago, M.Q. / Correia, J.L.A. / Pinto-Junior, V.R. / Osterne, V.J.S. / Pereira, R.I. / Silva-Filho, J.C. / Lossio, C.F. / Rocha, B.A.M. / Delatorre, P. / Neco, A.H.B. ...Santiago, M.Q. / Correia, J.L.A. / Pinto-Junior, V.R. / Osterne, V.J.S. / Pereira, R.I. / Silva-Filho, J.C. / Lossio, C.F. / Rocha, B.A.M. / Delatorre, P. / Neco, A.H.B. / Araripe, D.A. / Nascimento, K.S. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of a vasorelaxant lectin from Dioclea reflexa Hook seeds: Crystal structure, molecular docking and dynamics.
著者: Pinto-Junior, V.R. / Osterne, V.J. / Santiago, M.Q. / Correia, J.L. / Pereira-Junior, F.N. / Leal, R.B. / Pereira, M.G. / Chicas, L.S. / Nagano, C.S. / Rocha, B.A. / Silva-Filho, J.C. / ...著者: Pinto-Junior, V.R. / Osterne, V.J. / Santiago, M.Q. / Correia, J.L. / Pereira-Junior, F.N. / Leal, R.B. / Pereira, M.G. / Chicas, L.S. / Nagano, C.S. / Rocha, B.A. / Silva-Filho, J.C. / Ferreira, W.P. / Rocha, C.R. / Nascimento, K.S. / Assreuy, A.M. / Cavada, B.S.
履歴
登録2016年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dioclea reflexa lectin
B: Dioclea reflexa lectin
C: Dioclea reflexa lectin
D: Dioclea reflexa lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,36016
ポリマ－102,3454
非ポリマー2,01512
水12,953719
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area34410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.460, 85.180, 174.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Dioclea reflexa lectin


分子量: 25586.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dioclea reflexa (マメ科) / 組織: Seed種子 / 参照: UniProt: C0HK81*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 糖
ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H15BrClNO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM HEPES pH 8.0 50 mM Cadmiun Sulfate 1M Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.47 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.47 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→33.84 Å / Num. all: 100509 / Num. obs: 100509 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 22.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 635999
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.8560.24867014111570.9690.0190.0510.0474.970.8
5.54-33.846.80.0472468436470.9980.020.0530.04927.898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NOT

4not


解像度: 1.765→33.845 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 4959 4.97 %
Rwork0.2169 94829 -
obs0.2185 99788 93.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.16 Å2 / Biso mean: 26.2792 Å2 / Biso min: 8.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.765→33.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7024 0 100 719 7843
Biso mean--30.49 30.91 -
残基数----920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3729936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9382528
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.765-1.78510.40311090.32562368247771
1.7851-1.80610.35891580.31332896305486
1.8061-1.82810.39581570.32192897305488
1.8281-1.85130.32361400.28352982312288
1.8513-1.87560.37981410.29612953309489
1.8756-1.90130.34551340.2762958309287
1.9013-1.92850.29141570.2482996315389
1.9285-1.95720.27051470.2493026317390
1.9572-1.98780.30181400.25383029316991
1.9878-2.02040.27761580.24563062322091
2.0204-2.05520.26141690.24153116328593
2.0552-2.09260.30091610.24173140330194
2.0926-2.13290.2691740.23483183335794
2.1329-2.17640.28971800.24223190337095
2.1764-2.22370.26851800.23253166334695
2.2237-2.27540.27961520.22843218337096
2.2754-2.33230.26651860.23113223340995
2.3323-2.39530.27551880.24383179336796
2.3953-2.46580.31711830.24683256343997
2.4658-2.54540.24881730.24193268344197
2.5454-2.63630.27791660.23743265343197
2.6363-2.74180.26461770.23463298347597
2.7418-2.86660.28161740.23993298347297
2.8666-3.01760.26451870.22843279346697
3.0176-3.20650.2581680.21573349351799
3.2065-3.45390.2191970.19433364356199
3.4539-3.8010.18641820.17883392357499
3.801-4.35010.22061690.16913420358999
4.3501-5.47690.18191730.15843486365999
5.4769-33.85110.2111790.21873572375198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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