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- PDB-5t6s: Crystal structure of the A/Shanghai/2/2013 (H7N9) influenza virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t6s
タイトルCrystal structure of the A/Shanghai/2/2013 (H7N9) influenza virus hemagglutinin in complex with the antiviral drug arbidol
要素(Hemagglutinin ...ヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Ectodomain / N-glycosylation (N-結合型グリコシル化) / antiviral (抗ウイルス薬)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-75U / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Kadam, R.U. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of influenza virus fusion inhibition by the antiviral drug Arbidol.
著者: Kadam, R.U. / Wilson, I.A.
履歴
登録2016年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2
G: Hemagglutinin HA1
H: Hemagglutinin HA2
I: Hemagglutinin HA1
J: Hemagglutinin HA2
K: Hemagglutinin HA1
L: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,43641
ポリマ－336,44912
非ポリマー9,98729
水17,799988
1
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,24521
ポリマ－168,2246
非ポリマー5,02115
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37380 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area56850 Å2
手法PISA
2
G: Hemagglutinin HA1
H: Hemagglutinin HA2
I: Hemagglutinin HA1
J: Hemagglutinin HA2
K: Hemagglutinin HA1
L: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,19120
ポリマ－168,2246
非ポリマー4,96714
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37290 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area56910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.419, 231.490, 127.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Hemagglutinin ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Hemagglutinin HA1


分子量: 34993.559 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2


分子量: 21081.207 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21

-
糖 , 3種, 22分子

#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 995分子

#6: 化合物
ChemComp-75U / ethyl 6-bromo-4-[(dimethylamino)methyl]-5-hydroxy-1-methyl-2-[(phenylsulfanyl)methyl]-1H-indole-3-carboxylate / Arbidol / Umifenovir / 6-ブロモ-5-ヒドロキシ-4-[(ジメチルアミノ)メチル]-1-メチル-2-[(フェニルチオ)メチル]-1H-インド(以下略) / ウミフェノビル


分子量: 477.415 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H25BrN2O3S / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 988 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 17-20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→48.5 Å / Num. obs: 154529 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 1.4
反射 シェル解像度: 2.36→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LN6

4ln6


解像度: 2.36→48.5 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 7624 4.94 %
Rwork0.2039 --
obs0.2062 154344 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22794 0 636 988 24418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00423968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7832458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.85614334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0493546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.38690.30231890.26663818X-RAY DIFFRACTION76
2.3869-2.41490.31352500.2714696X-RAY DIFFRACTION92
2.4149-2.44440.29822180.26994680X-RAY DIFFRACTION94
2.4444-2.47530.3182600.25654693X-RAY DIFFRACTION94
2.4753-2.50790.31622310.24674792X-RAY DIFFRACTION94
2.5079-2.54220.28212470.24134942X-RAY DIFFRACTION98
2.5422-2.57860.27672620.2454950X-RAY DIFFRACTION99
2.5786-2.6170.30742660.25014972X-RAY DIFFRACTION99
2.617-2.65790.29572600.24094973X-RAY DIFFRACTION99
2.6579-2.70150.31332510.24495013X-RAY DIFFRACTION99
2.7015-2.74810.32012650.24384888X-RAY DIFFRACTION99
2.7481-2.79810.34032690.23695021X-RAY DIFFRACTION99
2.7981-2.85190.30922240.22964966X-RAY DIFFRACTION99
2.8519-2.91010.28772580.23625003X-RAY DIFFRACTION99
2.9101-2.97330.30722180.23334973X-RAY DIFFRACTION99
2.9733-3.04250.29282510.23975011X-RAY DIFFRACTION99
3.0425-3.11860.30272450.23524960X-RAY DIFFRACTION98
3.1186-3.20290.27842510.23454872X-RAY DIFFRACTION96
3.2029-3.29710.28342530.23354814X-RAY DIFFRACTION97
3.2971-3.40350.26952810.2245038X-RAY DIFFRACTION100
3.4035-3.52510.25942840.21745010X-RAY DIFFRACTION100
3.5251-3.66620.23912530.20354995X-RAY DIFFRACTION100
3.6662-3.8330.24672710.19624976X-RAY DIFFRACTION99
3.833-4.0350.22432720.18224941X-RAY DIFFRACTION98
4.035-4.28760.19492770.16574916X-RAY DIFFRACTION98
4.2876-4.61850.18322480.14614905X-RAY DIFFRACTION97
4.6185-5.08280.19352640.15614857X-RAY DIFFRACTION96
5.0828-5.81720.20942740.16735028X-RAY DIFFRACTION100
5.8172-7.3250.20962840.18555033X-RAY DIFFRACTION100
7.325-48.51490.21752480.17434984X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.5593 Å / Origin y: -22.6311 Å / Origin z: 297.6958 Å
111213212223313233
T0.2226 Å20.0108 Å20.0497 Å2-0.2421 Å2-0.0048 Å2--0.2473 Å2
L0.0945 °2-0.0581 °20.0552 °2-0.2208 °2-0.067 °2--0.1466 °2
S-0.012 Å °-0.0152 Å °-0.0363 Å °0.0476 Å °0.0193 Å °0.0362 Å °0.0059 Å °-0.0166 Å °-0.0063 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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