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- PDB-5szg: Structure of the bMERB domain of Mical-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5szg
タイトルStructure of the bMERB domain of Mical-3
要素Protein-methionine sulfoxide oxidase MICAL3
キーワードENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / Mical-3 / DUF3585 / Mical / Rab effector / oxidoreductase (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


F-actin monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / Flemming body / 細胞結合 / エキソサイトーシス / localization / cytoskeleton organization / FAD binding / cell projection ...F-actin monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / Flemming body / 細胞結合 / エキソサイトーシス / localization / cytoskeleton organization / FAD binding / cell projection / spindle / actin binding / 細胞皮質 / molecular adaptor activity / 細胞周期 / 細胞分裂 / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DUF3585 / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain ...DUF3585 / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain / FAD binding domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / [F-actin]-monooxygenase MICAL3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rai, A. / Oprisko, A. / Campos, J. / Fu, Y. / Friese, T. / Itzen, A. / Goody, R.S. / Gazdag, E.M. / Mueller, M.P.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 642, grant A4 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: bMERB domains are bivalent Rab8 family effectors evolved by gene duplication.
著者: Rai, A. / Oprisko, A. / Campos, J. / Fu, Y. / Friese, T. / Itzen, A. / Goody, R.S. / Gazdag, E.M. / Muller, M.P.
履歴
登録2016年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-methionine sulfoxide oxidase MICAL3
B: Protein-methionine sulfoxide oxidase MICAL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2864
ポリマ－37,0742
非ポリマー2122
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.858, 78.848, 95.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1843 - 1983
2010B1843 - 1983

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要素

#1: タンパク質 Protein-methionine sulfoxide oxidase MICAL3 / Molecule interacting with CasL protein 3 / MICAL-3


分子量: 18537.062 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1841-1990 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICAL3, KIAA0819, KIAA1364 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7RTP6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q7RTP6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.0 50 % PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978956 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.8 Å / Num. obs: 20544 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / CC1/2: 0.87 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 8.62 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.691 / ESU R Free: 0.348 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28208 556 5 %RANDOM
Rwork0.2509 ---
obs0.25245 10553 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.674 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20 Å20 Å2
2--1.93 Å2-0 Å2
3----3.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2089 0 14 0 2103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192119
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8092.0022831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.54334748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7015260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.523.826115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.86515390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0381530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.36.6431046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.36.6381045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.5439.9241301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.549.931302
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.5677.7181073
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.5647.7181073
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.86511.1651530
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.49150.6182216
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.48950.6282217
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10982 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.21 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.703→2.773 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 40 -
Rwork0.205 754 -
obs--97.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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