+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5svx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MORC3 CW in complex with histone H3K4me3 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / reader / histone (ヒストン) / chromatin (クロマチン) / methylation (メチル化) / methyllysine (メチルリシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of interferon-beta production / maintenance of protein location in nucleus / antiviral innate immune response / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / negative regulation of fibroblast proliferation / methylated histone binding / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling ...negative regulation of interferon-beta production / maintenance of protein location in nucleus / antiviral innate immune response / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / negative regulation of fibroblast proliferation / methylated histone binding / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / post-embryonic development / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PML body / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nuclear matrix / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / positive regulation of cellular senescence / ヌクレオソーム / protein-macromolecule adaptor activity / 遺伝子発現 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / peptidyl-serine phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / protein stabilization / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / クロマチン / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Tong, Q. / Andrews, F.H. / Kutateladze, T.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016 タイトル: Multivalent Chromatin Engagement and Inter-domain Crosstalk Regulate MORC3 ATPase. 著者: Andrews, F.H. / Tong, Q. / Sullivan, K.D. / Cornett, E.M. / Zhang, Y. / Ali, M. / Ahn, J. / Pandey, A. / Guo, A.H. / Strahl, B.D. / Costello, J.C. / Espinosa, J.M. / Rothbart, S.B. / Kutateladze, T.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5svx.cif.gz | 25 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5svx.ent.gz | 17.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5svx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5svx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5svx | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5847.418 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 407-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORC3, KIAA0136, NXP2, ZCWCC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14149 |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1293.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.77 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5 M (NH4)SO4, 0.1 M sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.28 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.28 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→34.32 Å / Num. obs: 15728 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.6 % / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.6 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.56→34.275 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.84
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→34.275 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|