PDB-5s4t: Tubulin-Z328695024-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s4t

タイトル

Tubulin-Z328695024-complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine LigaseTubulin—tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD /

CYTOSKELETON (細胞骨格) /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 /

tubulin binding / spindle microtubule /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s4t.cif.gz	915.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s4t.ent.gz	752.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/5s4t	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s5u-d 7dad-d 5cb4-d 4o4i-d 5lxt-d 5s4l-d 5s4r-d 5jh7-d 6eg5-d 6knz-d 6bry-d 5s67-d 5s55-d 5nfz-d 4zhq-d 5iyz-d 5ezy-d 4tv9-d 5ca0-d 6o5m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.770, 158.420, 179.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase / Tubulin—tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 395分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-K1G / N,1-dimethyl-N-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 205.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→62.53 Å / Num. obs: 137603 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.838 % / B_iso Wilson estimate: 65.301 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.021 / Net I/σ(I): 11.21 / Num. measured all: 940983 / Scaling rejects: 162

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.27-2.33	7.097	2.469	0.7	71346	10085	10053	0.34	2.663	99.7
2.33-2.39	7.064	1.782	1.01	69252	9822	9803	0.486	1.923	99.8
2.39-2.46	6.996	1.372	1.34	66872	9581	9559	0.615	1.481	99.8
2.46-2.54	6.896	1.059	1.73	63810	9270	9253	0.723	1.145	99.8
2.54-2.62	6.721	0.788	2.26	60677	9046	9028	0.809	0.854	99.8
2.62-2.71	6.532	0.629	2.81	57067	8753	8736	0.853	0.684	99.8
2.71-2.82	6.747	0.466	3.75	56742	8421	8410	0.923	0.505	99.9
2.82-2.93	7.088	0.343	5.15	57587	8137	8125	0.959	0.37	99.9
2.93-3.06	7.006	0.245	7.02	54826	7833	7826	0.977	0.265	99.9
3.06-3.21	6.952	0.176	9.47	51643	7440	7428	0.987	0.19	99.8
3.21-3.38	6.762	0.131	12.24	48142	7129	7119	0.992	0.142	99.9
3.38-3.59	6.472	0.098	15.4	43659	6751	6746	0.995	0.107	99.9
3.59-3.84	6.912	0.08	19.36	43686	6325	6320	0.997	0.086	99.9
3.84-4.14	7.045	0.061	25.38	41856	5942	5941	0.998	0.065	100
4.14-4.54	6.886	0.048	30.4	37701	5477	5475	0.998	0.052	100
4.54-5.08	6.424	0.044	31.97	31762	4946	4944	0.998	0.048	100
5.08-5.86	6.595	0.046	31.23	29165	4426	4422	0.998	0.05	99.9
5.86-7.18	6.897	0.045	33.09	25884	3753	3753	0.998	0.049	100
7.18-10.15	6.264	0.035	40.76	18547	2963	2961	0.999	0.038	99.9
10.15-62.53	6.325	0.032	47.71	10759	1720	1701	0.998	0.035	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.27→62.53 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	6768	4.92 %
R_work	0.2058	130809	-
obs	0.2078	137577	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 212.56 Å² / B_iso mean: 78.158 Å² / B_iso min: 38.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.27→62.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17425	0	202	379	18006
B_iso mean	-	-	72.92	63.2	-
残基数	-	-	-	-	2200

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.27-2.3	0.3816	207	0.3711	4295	4502	100
2.3-2.32	0.3629	257	0.36	4290	4547	100
2.32-2.35	0.3877	227	0.3454	4284	4511	100
2.35-2.38	0.3817	233	0.3317	4323	4556	100
2.38-2.41	0.3703	241	0.3268	4316	4557	100
2.41-2.45	0.3706	231	0.3211	4276	4507	100
2.45-2.48	0.332	251	0.3042	4284	4535	100
2.48-2.52	0.3328	222	0.2995	4319	4541	100
2.52-2.56	0.3716	234	0.2926	4327	4561	100
2.56-2.6	0.3515	237	0.2766	4324	4561	100
2.6-2.64	0.2999	207	0.2731	4325	4532	100
2.64-2.69	0.3141	242	0.2677	4317	4559	100
2.69-2.74	0.3055	199	0.2615	4349	4548	100
2.74-2.8	0.3193	234	0.26	4309	4543	100
2.8-2.86	0.3137	251	0.2516	4295	4546	100
2.86-2.93	0.2847	216	0.261	4378	4594	100
2.93-3	0.3236	230	0.248	4350	4580	100
3-3.08	0.3025	213	0.2421	4360	4573	100
3.08-3.17	0.2647	213	0.2304	4361	4574	100
3.17-3.27	0.2675	215	0.2334	4364	4579	100
3.27-3.39	0.2858	216	0.2254	4369	4585	100
3.39-3.53	0.2577	204	0.2205	4398	4602	100
3.53-3.69	0.2389	229	0.2092	4348	4577	100
3.69-3.88	0.2288	222	0.1881	4403	4625	100
3.88-4.12	0.2075	210	0.1731	4390	4600	100
4.12-4.44	0.2068	236	0.1657	4401	4637	100
4.44-4.89	0.1857	201	0.1542	4447	4648	100
4.89-5.6	0.2255	236	0.1736	4451	4687	100
5.6-7.05	0.2323	224	0.1947	4500	4724	100
7.05-62.53	0.1817	230	0.1614	4656	4886	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9356	-0.441	-0.0239	5.1058	1.1156	3.6316	-0.0148	0.1222	0.2907	-0.4931	0.303	-0.3392	-0.8657	0.3469	-0.2991	0.6287	-0.1299	0.138	0.5662	-0.1354	0.5094	32.1635	89.842	50.4621
2	2.6447	-0.6439	-2.3635	4.8617	-0.2298	2.7318	0.0866	-0.3409	-0.145	0.475	-0.0692	-0.2067	0.1974	0.2328	-0.0092	0.5408	0.0605	-0.053	0.5537	-0.1395	0.485	30.0637	74.4571	58.7814
3	1.8535	-0.1542	0.5859	4.75	0.9921	5.427	0.0951	-0.0224	0.0679	0.375	-0.0132	0.328	-0.2244	-0.2399	-0.0867	0.4524	0.0494	0.0717	0.4188	-0.1028	0.4828	17.1631	84.833	66.5547
4	1.4333	-0.3955	0.2457	6.7124	1.4363	2.5113	-0.0452	-0.1993	0.2177	0.8403	0.1016	0.2942	-0.0982	-0.1006	-0.0729	0.6514	0.0169	0.1174	0.593	-0.0789	0.5103	19.0959	83.6079	72.9663
5	2.2887	0.5418	0.8447	5.9365	4.3305	6.62	-0.0835	-0.273	0.0126	0.7877	0.4877	-0.5963	0.7142	0.9535	-0.3191	0.5634	0.1604	-0.0689	0.5118	-0.0967	0.5871	32.5571	62.5419	61.4168
6	6.101	-1.5378	-0.963	7.8704	0.7859	4.9627	0.1797	0.253	0.8529	-0.2569	-0.1237	0.3651	-1.0607	-0.1444	0.0059	0.5769	0.0203	0.0015	0.4017	0.007	0.5394	15.9723	70.1348	18.9509
7	2.4356	0.5292	-0.239	2.4303	1.5102	3.9037	0.0343	-0.0027	0.0997	-0.0279	-0.0356	0.0687	-0.2478	0.002	-0.0159	0.3897	0.0127	0.0071	0.4735	-0.0877	0.465	20.2615	56.3846	25.2749
8	5.5003	-3.0256	1.4783	4.7447	-0.6433	4.2784	-0.294	-0.0388	-0.1375	0.2957	0.0331	0.653	-0.2665	-1.2348	0.2377	0.5799	0.0189	0.0949	0.7798	-0.193	0.5866	5.7788	60.2626	42.223
9	1.0208	-1.0578	-0.6844	4.6022	2.5735	5.1545	0.0081	-0.3267	-0.074	0.7816	0.1159	-0.0791	0.7412	0.4271	-0.1398	0.4513	-0.0692	-0.0234	0.5629	-0.0648	0.5248	21.0443	42.003	31.4124
10	1.6753	-0.3542	-0.0793	3.2812	0.3113	2.0379	-0.049	0.2013	0.0749	-0.3163	0.1213	0.0376	-0.1666	0.1034	-0.0672	0.4276	-0.0776	0.0252	0.5136	-0.0593	0.4408	20.3127	33.1709	-12.0346
11	1.4111	-0.7899	-0.0269	1.7911	0.9826	1.9233	-0.0336	-0.0121	0.031	0.1018	-0.0447	0.126	0.025	-0.2426	0.0773	0.3588	-0.0632	0.0455	0.4264	-0.0361	0.4391	7.989	26.0813	3.1303
12	5.2331	-2.0311	-0.0132	6.9494	-0.5735	0.555	-0.0382	0.6907	0.1676	-0.8701	0.1601	-0.0203	0.0584	-0.1812	-0.1294	0.7179	-0.1298	0.0762	0.935	-0.0435	0.406	17.3642	9.8711	-44.1389
13	2.1853	0.0846	-0.5613	1.7783	0.0372	2.7201	-0.0977	0.4593	-0.2257	-0.3314	0.1789	-0.2993	0.2846	0.0499	-0.0818	0.6477	-0.069	0.0909	0.7503	-0.2301	0.5529	22.9127	-2.1501	-34.3193
14	1.056	-1.5126	-0.6991	3.9849	0.6387	0.5426	0.1603	0.3058	-0.5504	-0.5995	-0.2949	0.7147	0.4159	-0.6503	0.1252	0.7259	-0.1396	-0.0385	0.9789	-0.2626	0.6932	2.0086	-6.1683	-25.274
15	3.2687	-0.9605	-0.3036	2.2337	-0.1196	3.153	-0.2102	0.4072	-0.3125	-0.0842	0.1394	0.2483	0.2163	-0.4547	0.0794	0.5978	-0.1591	0.031	0.5863	-0.1571	0.5284	8.8187	-1.5626	-20.969
16	5.2674	0.3674	-2.7556	1.7385	-1.5444	2.6396	-0.4307	0.1215	-0.754	0.2137	0.1107	-0.0963	0.9034	0.2482	0.1495	0.9294	0.0969	0.0246	0.6733	-0.2608	0.9219	30.5328	-17.0598	-24.6647
17	5.7361	-3.4759	0.3548	7.5615	1.4884	3.0134	-0.0244	-0.6947	0.2668	1.3778	0.3332	-0.7232	-0.1788	0.14	-0.3123	1.1428	-0.1508	-0.0796	0.9296	-0.2037	0.7751	27.807	93.276	81.3948
18	0.1682	-0.4478	-0.8052	5.745	6.14	7.0912	-0.1593	-0.0943	-0.0388	0.8755	0.7789	-0.5389	0.9835	1.1643	-0.7351	0.6136	0.1149	0.0214	0.9761	-0.2536	0.8635	43.1584	28.1899	3.9526
19	4.8516	0.8806	-1.5161	6.0759	0.8305	5.9401	-0.4193	0.4816	-0.7782	-0.124	0.211	-0.2293	1.6572	-0.3085	0.1444	1.0635	-0.1661	0.1289	0.7183	-0.1488	0.6473	6.4715	55.0822	69.5309
20	5.4333	1.2065	3.6143	4.7351	-2.3454	5.94	0.1293	-0.5527	0.1941	0.4162	-0.38	-0.873	-0.348	1.9925	0.2425	0.833	0.0629	-0.0675	1.2895	0.0173	0.7461	16.5742	64.5665	102.483
21	4.4227	1.0723	1.8125	4.2852	-0.8383	5.4668	-0.0105	-0.5844	-0.6869	0.7919	-0.2142	-0.8557	1.1308	1.9126	0.1952	1.1474	0.3913	0.0377	1.2368	0.2254	0.911	11.5437	52.6396	105.6187
22	2.5266	0.7291	-1.1219	3.772	-0.8928	2.4489	-0.5388	0.0362	-0.8725	0.2854	0.2309	-0.3161	1.2049	0.0428	0.1758	1.3283	0.102	0.2638	0.6362	0.0795	0.9571	-2.2054	50.271	99.23
23	3.1734	-0.4948	-2.1173	0.3167	1.235	6.6374	-0.1995	0.136	-0.5194	0.0746	0.1593	-0.0549	1.0886	0.0138	-0.003	0.9996	0.0154	0.0657	0.5428	0.0098	0.7498	1.0823	58.604	87.4488
24	6.6724	-5.0323	-3.4977	5.8177	2.0715	2.9154	0.1528	0.7976	-0.3772	-0.1609	0.3561	0.5018	-0.5571	-1.0753	-0.3901	0.6556	-0.102	0.0768	0.9646	-0.0344	0.6771	-8.1615	63.5897	79.1723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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