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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5rla | ||||||
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タイトル | ALTERING THE BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER OF ARGINASE DIMINISHES THERMOSTABILITY AND CATALYTIC FUNCTION | ||||||
要素 | ARGINASEアルギナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / UREA CYCLE (尿素回路) / ARGININE METABOLISM (アルギニン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of L-arginine import across plasma membrane / 尿素回路 / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginine metabolic process / arginine catabolic process to ornithine / response to selenium ion / アルギナーゼ ...regulation of L-arginine import across plasma membrane / 尿素回路 / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginine metabolic process / arginine catabolic process to ornithine / response to selenium ion / アルギナーゼ / arginase activity / 尿素回路 / response to methylmercury / response to vitamin A / response to herbicide / response to steroid hormone / response to manganese ion / Neutrophil degranulation / response to zinc ion / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / defense response to protozoan / response to amine / negative regulation of activated T cell proliferation / response to axon injury / maternal process involved in female pregnancy / response to vitamin E / response to amino acid / response to cadmium ion / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to interleukin-4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / liver development / female pregnancy / lung development / cellular response to hydrogen peroxide / response to peptide hormone / manganese ion binding / cellular response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / response to xenobiotic stimulus / 自然免疫系 / neuronal cell body / extracellular space / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å | ||||||
データ登録者 | Scolnick, L.R. / Kanyo, Z.F. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Altering the binuclear manganese cluster of arginase diminishes thermostability and catalytic function. 著者: Scolnick, L.R. / Kanyo, Z.F. / Cavalli, R.C. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5rla.cif.gz | 185 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5rla.ent.gz | 147.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5rla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/5rla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/5rla | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34995.051 Da / 分子数: 3 / 変異: H101N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: PARGR-2 / 器官: LIVER肝臓 / プラスミド: PRSET C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): PARG-X / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P07824, アルギナーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 12 - 18% PEG 8000, 50 MM BICINE PH = 8.5, 0.05% AZIDE, 1 MM MNCL2 SOAKED FOR 1 WEEK IN 15MM EDTA + DPA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日 / 詳細: YALE |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 37872 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 94.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 23414 / Num. measured all: 37872 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: RAT LIVER ARGINASE 解像度: 2.74→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.0004 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION USED
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 12 Å / Luzzati sigma a obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.74→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.74→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 22421 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.4 |