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- PDB-5r9o: PanDDA analysis group deposition Form1 MAP kinase p38-alpha -- Fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5r9o
タイトルPanDDA analysis group deposition Form1 MAP kinase p38-alpha -- Fragment N06122b in complex with MAP kinase p38-alpha
要素Mitogen-activated protein kinase 14MAPK14
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / P38 / MAPK14 / KINASE (キナーゼ) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence ...DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / cartilage condensation / cellular response to UV-B / stress-activated protein kinase signaling cascade / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / Β酸化 / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / regulation of ossification / MAP kinase activity / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / signal transduction in response to DNA damage / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / Neutrophil degranulation / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / placenta development / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / 細胞分化 / positive regulation of glucose import / response to insulin / 骨 / cell morphogenesis / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to virus / osteoblast differentiation / 紡錘体 / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / 血管新生 / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(pyridin-2-yloxy)aniline / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者De Nicola, G.F. / Nichols, C.E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Mining the PDB for Tractable Cases Where X-ray Crystallography Combined with Fragment Screens Can Be Used to Systematically Design Protein-Protein Inhibitors: Two Test Cases Illustrated ...タイトル: Mining the PDB for Tractable Cases Where X-ray Crystallography Combined with Fragment Screens Can Be Used to Systematically Design Protein-Protein Inhibitors: Two Test Cases Illustrated by IL1 beta-IL1R and p38 alpha-TAB1 Complexes.
著者: Nichols, C. / Ng, J. / Keshu, A. / Kelly, G. / Conte, M.R. / Marber, M.S. / Fraternali, F. / De Nicola, G.F.
履歴
登録2020年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,90010
ポリマ－41,3381
非ポリマー5629
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.843, 85.835, 127.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41338.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P47811, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ

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非ポリマー , 6種, 246分子

#2: 化合物 ChemComp-54F / 3-(pyridin-2-yloxy)aniline / 3-(2-ピリジルオキシ)アニリン


分子量: 186.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10N2O
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 27.5% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.9, 50 mM ammonium sulfate, 0.2 M 1:1 magnesium chloride:magnesium sulfate, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.28 Å / Num. obs: 66421 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 21.3 / Num. measured all: 433627 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.646.40.8162982546360.7330.3430.887294.8
7.17-29.286.30.02354158600.9990.010.02560.898.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 6SO1

6so1


解像度: 1.6→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.86 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 3282 4.9 %RANDOM
Rwork0.1789 ---
obs0.1797 63068 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.33 Å2 / Biso mean: 28.466 Å2 / Biso min: 14.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2746 0 29 237 3012
Biso mean--50.83 36.11 -
残基数----348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0145426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0173900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.6435933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5811.5779054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5145547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00623.009226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9115723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2041523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2322.9692676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2512.952629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7374.3372691
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 211 -
Rwork0.283 4417 -
all-4628 -
obs--94.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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