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- PDB-6rfo: ERK2 MAP kinase with the activation loop of p38alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rfo
タイトルERK2 MAP kinase with the activation loop of p38alpha
要素Mitogen-activated protein kinase 1,Mitogen-activated protein kinase 14,Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / NleD / effectors / T3SS / MAP kinase / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway ...phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signaling by Activin / Negative regulation of FGFR2 signaling / Signal transduction by L1 / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / MAP2K and MAPK activation / neural crest cell development / Recycling pathway of L1 / cellular response to toxic substance / cardiac neural crest cell development involved in heart development / cellular response to methionine / caveolin-mediated endocytosis / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / positive regulation of macrophage proliferation / response to alcohol / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of Golgi inheritance / labyrinthine layer blood vessel development / RAF/MAP kinase cascade / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / ERBB signaling pathway / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / Neutrophil degranulation / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / regulation of stress-activated MAPK cascade / mitogen-activated protein kinase p38 binding / Platelet sensitization by LDL / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / NFAT protein binding / positive regulation of myotube differentiation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / D-glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / regulation of cytoskeleton organization / p38MAPK cascade / response to exogenous dsRNA / lung morphogenesis / face development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / MAP kinase kinase activity / positive regulation of telomere maintenance / fatty acid oxidation / response to testosterone / cellular response to lipoteichoic acid
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 1 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Livnah, O. / Eitan-Wexler, M.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1422/16 イスラエル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The bacterial metalloprotease NleD selectively cleaves mitogen-activated protein kinases that have high flexibility in their activation loop.
著者: Gur-Arie, L. / Eitan-Wexler, M. / Weinberger, N. / Rosenshine, I. / Livnah, O.
履歴
登録2019年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1,Mitogen-activated protein kinase 14,Mitogen-activated protein kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8621
ポリマ－42,8621
非ポリマー00
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.999, 68.688, 60.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1,Mitogen-activated protein kinase 14,Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 42862.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Mapk1, Erk2, Mapk, Prkm1, MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P63086, UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris pH 6.8 or 6.5, 2% (w/v) PEG 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.39 Å / Num. obs: 40460 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 2160 / Rsym value: 0.716

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S31

4s31


解像度: 1.7→45.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 7.025 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21874 2040 5 %RANDOM
Rwork0.1563 ---
obs0.15969 38401 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å2-1.79 Å2
2--1.93 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2590 0 0 173 2763
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0172510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.6433581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4651.5775830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2725310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.08922.361144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.31115480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.5141517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.93.4131258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.9043.4051256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.9525.0931562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.9515.0941562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.4794.0841389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.4764.0881390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.5985.8812020
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.78240.6993032
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.75940.3542999
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.34735157
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 140 -
Rwork0.289 2819 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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