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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5pcy | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN AT SIX PH VALUES | ||||||
要素 | PLASTOCYANINプラストシアニン | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT PROTEIN(CUPROPROTEIN) (電子伝達系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Populus nigra (クロヤマナラシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Guss, J.M. / Freeman, H.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986 タイトル: Crystal structure analyses of reduced (CuI) poplar plastocyanin at six pH values. 著者: Guss, J.M. / Harrowell, P.R. / Murata, M. / Norris, V.A. / Freeman, H.C. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: The Crystal Structure of Mercury-Substituted Poplar Plastocyanin at 1.9-Angstroms Resolution 著者: Church, W.B. / Guss, J.M. / Potter, J.J. / Freeman, H.C. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984 タイトル: The Crystal Structure of Poplar Apoplastocyanin at 1.8-Angstroms Resolution. The Geometry of the Copper-Binding Site is Created by the Polypeptide 著者: Garrett, T.P.J. / Clingeleffer, D.J. / Guss, J.M. / Rogers, S.J. / Freeman, H.C. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983 タイトル: Structure of Oxidized Poplar Plastocyanin at 1.6 Angstroms Resolution 著者: Guss, J.M. / Freeman, H.C. #4: ジャーナル: Nature / 年: 1978 タイトル: X-Ray Crystal Structure Analysis of Plastocyanin at 2.7 Angstroms Resolution 著者: Colman, P.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Murata, M. / Norris, V.A. / Ramshaw, J.A.M. / Venkatappa, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5pcy.cif.gz | 30.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5pcy.ent.gz | 20.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5pcy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/5pcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/5pcy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 16 AND 36 ARE CIS-PROLINES. / 2: SEE REMARK 4. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10493.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Populus nigra (クロヤマナラシ) 参照: UniProt: P00299 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.93 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Chapman, G.V. (1977). J. Mol. Biol., 110, 187. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. obs: 6971 / Num. measured all: 9478 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.16 / 最高解像度: 1.8 Å 詳細: THE SHORT CONTACT BETWEEN CE1 HIS 87 AND O PRO 36 (3.4 ANGSTROMS AT PH 7.8, 3.3 ANGSTROMS AT PH 7.0) IS REPLACED BY A WEAK HYDROGEN BOND (3.1 ANGSTROMS) BETWEEN NE2 HIS 87 AND O PRO 36 AFTER ...詳細: THE SHORT CONTACT BETWEEN CE1 HIS 87 AND O PRO 36 (3.4 ANGSTROMS AT PH 7.8, 3.3 ANGSTROMS AT PH 7.0) IS REPLACED BY A WEAK HYDROGEN BOND (3.1 ANGSTROMS) BETWEEN NE2 HIS 87 AND O PRO 36 AFTER ROTATION OF THE HIS 87 SIDE CHAIN AT PH 3.8 (SEE *JRNL* REFERENCE ABOVE). | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 6900 / Rfactor obs: 0.16 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |