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- PDB-5ovw: Nanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ovw
タイトルNanobody-bound BtuF, the vitamin B12 binding protein in Escherichia coli
要素
  • Nanobody
  • Vitamin B12-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nanobody / Inhibitor / vitamin B12 / substrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin transport complex / cobalamin transport / cobalamin binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter, vitamin B12-binding protein / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vitamin B12-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.653 Å
データ登録者Mireku, S.A. / Sauer, M.M. / Glockshuber, R. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号
Swiss National Science FoundationSNF 310030B_166672 スイス
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2017
タイトル: Structural basis of nanobody-mediated blocking of BtuF, the cognate substrate-binding protein of the Escherichia coli vitamin B12 transporter BtuCD.
著者: Mireku, S.A. / Sauer, M.M. / Glockshuber, R. / Locher, K.P.
履歴
登録2017年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12-binding protein
B: Vitamin B12-binding protein
C: Vitamin B12-binding protein
D: Vitamin B12-binding protein
E: Vitamin B12-binding protein
F: Vitamin B12-binding protein
G: Nanobody
H: Nanobody
I: Nanobody
J: Nanobody
K: Nanobody
L: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,32217
ポリマ-290,86112
非ポリマー4605
4,756264
1
A: Vitamin B12-binding protein
H: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5693
ポリマ-48,4772
非ポリマー921
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA
2
B: Vitamin B12-binding protein
I: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5693
ポリマ-48,4772
非ポリマー921
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
3
C: Vitamin B12-binding protein
G: Nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4772
ポリマ-48,4772
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
4
D: Vitamin B12-binding protein
J: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5693
ポリマ-48,4772
非ポリマー921
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
5
E: Vitamin B12-binding protein
K: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5693
ポリマ-48,4772
非ポリマー921
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16260 Å2
手法PISA
6
F: Vitamin B12-binding protein
L: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5693
ポリマ-48,4772
非ポリマー921
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.800, 141.000, 216.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Vitamin B12-binding protein


分子量: 31511.924 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OmpA-BtuF-3C-His6 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuF, yadT, b0158, JW0154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37028
#2: 抗体
Nanobody


分子量: 16964.984 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SecretionSignal-Nanobody-His6 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, Tris-HCl, Magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.653→19.996 Å / Num. obs: 63910 / % possible obs: 85.33 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 1.36

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.653→19.996 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 3239 5.07 %
Rwork0.2232 --
obs0.2251 63910 85.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.653→19.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17058 0 30 264 17352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55823797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.98710594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043126
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6533-2.69280.505480.382174X-RAY DIFFRACTION6
2.6928-2.73480.3261290.3829508X-RAY DIFFRACTION17
2.7348-2.77950.4048480.3627927X-RAY DIFFRACTION30
2.7795-2.82730.33871010.34821534X-RAY DIFFRACTION51
2.8273-2.87860.42761280.3412176X-RAY DIFFRACTION71
2.8786-2.93380.35481330.34012632X-RAY DIFFRACTION87
2.9338-2.99350.35131520.33233030X-RAY DIFFRACTION98
2.9935-3.05830.33561720.33523026X-RAY DIFFRACTION100
3.0583-3.12920.34531750.32173059X-RAY DIFFRACTION100
3.1292-3.20710.34211420.29953085X-RAY DIFFRACTION100
3.2071-3.29350.29491500.29953066X-RAY DIFFRACTION100
3.2935-3.390.34511460.29023101X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.49880.29581500.26633115X-RAY DIFFRACTION100
3.4988-3.62320.28591580.24523076X-RAY DIFFRACTION100
3.6232-3.76730.30851740.24453051X-RAY DIFFRACTION100
3.7673-3.93750.28581800.2173074X-RAY DIFFRACTION100
3.9375-4.14340.22841610.19173097X-RAY DIFFRACTION100
4.1434-4.40040.2121670.17273124X-RAY DIFFRACTION100
4.4004-4.7360.21751660.16313091X-RAY DIFFRACTION100
4.736-5.20490.20151750.16213118X-RAY DIFFRACTION100
5.2049-5.94080.21131700.17223146X-RAY DIFFRACTION100
5.9408-7.42060.21371630.18223190X-RAY DIFFRACTION100
7.4206-19.99690.16981910.15043271X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17080.08530.07570.14710.00040.24540.0865-0.06530.03450.16990.09020.2041-0.0247-0.10830.07220.43550.00530.08990.3995-0.02020.52184.9604153.38236.6091
20.107-0.1471-0.03770.1897-0.02420.0560.08350.0350.11660.1325-0.0554-0.08910.0285-0.054400.3814-0.055-0.0340.4025-0.04940.514231.5942149.78255.6018
30.65380.11490.02210.27960.11270.5772-0.36030.13520.2691-0.19530.13960.2694-0.37220.0086-0.41690.6229-0.0854-0.15660.44890.02970.45512.0563122.2943-29.013
40.12080.02840.04130.7057-0.11140.0564-0.05490.2092-0.2876-0.01080.33910.04540.12650.440.47940.31830.1657-0.01180.6449-0.18680.39911.90197.2695-27.5641
50.1713-0.08670.07730.23030.22240.2020.1489-0.15220.09180.1574-0.01530.20370.0062-0.05640.26760.5495-0.03050.19090.486-0.13550.51354.9192157.375728.3533
60.03590.02770.00770.12120.10120.07830.1510.1570.55110.02940.1346-0.1939-0.29220.11910.0230.7671-0.25990.3530.8188-0.10610.943816.2098181.824526.5416
70.16250.07220.22040.1579-0.03340.25030.0007-0.14550.25620.0161-0.12750.2706-0.1105-0.0711-0.18360.36760.0103-0.06350.4194-0.11510.50753.5659125.9294-7.2848
80.12490.1520.07860.2210.04390.0756-0.075-0.02090.1508-0.11960.0603-0.0424-0.14610.0437-0.00070.2941-0.04030.03720.3676-0.06080.420330.4807127.8683-7.731
90.12840.26710.13240.50150.21190.3321-0.0520.096-0.20580.1720.1824-0.01160.2841-0.11540.2420.3834-0.04740.09340.48280.05320.31621.0245101.499943.9537
100.2373-0.12180.02390.2622-0.14780.1497-0.2302-0.24880.05130.49930.2994-0.1043-0.17560.08370.12230.63190.0294-0.06590.4191-0.12020.374635.3883124.423942.2568
110.44020.3465-0.1230.51810.28680.38930.2160.29940.05530.30920.0087-0.06160.2315-0.12310.08470.7213-0.07840.11090.41680.02060.415118.3527102.289665.7283
120.00610.00930.02820.03750.03970.0821-0.45880.06920.2084-0.2940.0720.5410.1755-0.1697-0.15670.85860.0905-0.01140.56020.24550.94290.0944122.088165.1581
130.2391-0.1479-0.06150.1048-0.00270.05080.2941-0.02050.17340.4209-0.3484-0.4244-0.08610.1503-0.00740.824-0.2305-0.10380.9643-0.33290.902731.75160.545741.9097
140.10550.1370.01560.2177-0.10790.1301-0.11890.04430.0748-0.17510.2037-0.16670.0074-0.12290.08480.5429-0.09390.06250.28640.00390.4419.7757172.9447-10.9603
150.419-0.2024-0.51110.14530.13080.6675-0.31760.52490.05520.0189-0.2754-0.065-0.06480.7385-1.09110.3069-0.52190.37682.0021-0.0655-0.0727.7344118.0333-43.8302
160.0899-0.018-0.03280.26830.31870.38480.1422-0.0556-0.2093-0.0730.0095-0.06130.0327-0.01850.23160.2471-0.0323-0.05350.4121-0.01220.389918.0617105.27688.9181
170.0675-0.1175-0.04110.33130.11240.0319-0.1497-0.1916-0.15560.33990.28710.2818-0.0755-0.38030.16090.38860.08490.12010.67590.14810.44038.38123.389627.8456
180.04850.09520.10280.08940.08260.1191-0.0643-0.00580.1127-0.20360.13520.0883-0.0550.10460.10540.8211-0.2830.19840.4981-0.1680.644426.4387127.561479.6433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 149 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 266 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 22 through 149 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 150 through 266 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 22 through 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 150 through 266 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 22 through 149 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 150 through 266 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 22 through 149 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 150 through 266 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 22 through 149 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 150 through 266 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 24 through 149 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 24 through 149 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 24 through 149 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'J' and (resid 24 through 149 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'K' and (resid 24 through 149 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 24 through 149 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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