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- PDB-5oql: Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Chaetomium thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oql
タイトルCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Chaetomium thermophilum
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • (Putative U3 small nucleolar ...) x 2
  • 35S rRNA
  • Bms1
  • Emg1
  • Faf1
  • Fcf2
  • Imp3
  • KRR1 small subunit processome component
  • Nop1
  • Nop58
  • Periodic tryptophan protein 2-like protein
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Putative U3 snoRNP protein
  • Putative nucleolar protein
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • RNA cytidine acetyltransferase
  • Rrp9
  • Snu13
  • Sof1
  • U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
  • U3 snoRNA
  • Utp10
  • Utp12
  • Utp13
  • Utp14
  • Utp15
  • Utp17
  • Utp18
  • Utp2
  • Utp24
  • Utp3
  • Utp30
  • Utp4
  • Utp6
  • Utp7
キーワードRIBOSOME / Ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA wobble cytosine modification / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Noc4p-Nop14p complex / t-UTP complex / Mpp10 complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity ...tRNA wobble cytosine modification / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Noc4p-Nop14p complex / t-UTP complex / Mpp10 complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / histone H2AQ104 methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of rRNA processing / rRNA base methylation / rRNA primary transcript binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / box C/D methylation guide snoRNP complex / U3 snoRNA binding / Cajal body / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / 90S preribosome / RNA nuclease activity / RNA processing / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RNA endonuclease activity / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / methyltransferase activity / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / methylation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function (DUF4602) / : / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / : / : ...Domain of unknown function (DUF4602) / : / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / : / : / : / Helicase / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Ribosomal RNA assembly KRR1 / Nucleolar protein 14 / Nop14-like family / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Small-subunit processome, Utp11 / Sof1-like protein / BING4, C-terminal domain / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / Fcf2/DNTTIP2 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / : / Utp11 protein / Sof1-like domain / BING4CT (NUC141) domain / Fcf2 pre-rRNA processing / BING4CT (NUC141) domain / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Fcf1 / Small-subunit processome, Utp14 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / Utp14 protein / UTP15 C terminal / Sas10 C-terminal domain / Sas10 C-terminal domain / Nucleolar protein 58/56, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / NOP5NT (NUC127) domain / : / BP28, C-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2 / Utp13 specific WD40 associated domain / Small-subunit processome, Utp12 / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / Dip2/Utp12 Family / Sas10/Utp3/C1D / Small-subunit processome, Utp21 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Sas10/Utp3/C1D family / Mpp10 protein / Utp21 specific WD40 associated putative domain / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / EMG1/NEP1 methyltransferase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Large family of predicted nucleotide-binding domains / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / PIN domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / DDB1- and CUL4-associated factor 13 / Nucleolar protein 58 / BING4 C-terminal domain-containing protein ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / DDB1- and CUL4-associated factor 13 / Nucleolar protein 58 / BING4 C-terminal domain-containing protein / Small-subunit processome Utp12 domain-containing protein / 40S ribosomal protein S13-like protein / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein s5-like protein / RNA cytidine acetyltransferase / Nucleolar protein 56 / U3 snoRNP protein / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / KRR1 small subunit processome component / Bms1-type G domain-containing protein / Fcf2 pre-rRNA processing C-terminal domain-containing protein / Sas10 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Uncharacterized protein / Putative U3 snoRNP protein / 40S ribosomal protein S7 / Uncharacterized protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / 40S ribosomal protein S28-like protein / Nucleolar essential protein 1 / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S16-like protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Nucleolar complex protein 14 / PIN domain-containing protein / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 C-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Periodic tryptophan protein 2-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / Ribosomal RNA-processing protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 C-terminal domain-containing protein / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / 40S ribosomal protein S22-like protein / Small ribosomal subunit protein eS24
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cheng, J. / Kellner, N. / Berninghausen, O. / Hurt, E. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: 3.2-Å-resolution structure of the 90S preribosome before A1 pre-rRNA cleavage.
著者: Jingdong Cheng / Nikola Kellner / Otto Berninghausen / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: The 40S small ribosomal subunit is cotranscriptionally assembled in the nucleolus as part of a large chaperone complex called the 90S preribosome or small-subunit processome. Here, we present the 3.2- ...The 40S small ribosomal subunit is cotranscriptionally assembled in the nucleolus as part of a large chaperone complex called the 90S preribosome or small-subunit processome. Here, we present the 3.2-Å-resolution structure of the Chaetomium thermophilum 90S preribosome, which allowed us to build atomic structures for 34 assembly factors, including the Mpp10 complex, Bms1, Utp14 and Utp18, and the complete U3 small nucleolar ribonucleoprotein. Moreover, we visualized the U3 RNA heteroduplexes with a 5' external transcribed spacer (5' ETS) and pre-18S RNA, and their stabilization by 90S factors. Overall, the structure explains how a highly intertwined network of assembly factors and pre-rRNA guide the sequential, independent folding of the individual pre-40S domains while the RNA regions forming the 40S active sites are kept immature. Finally, by identifying the unprocessed A1 cleavage site and the nearby Utp24 endonuclease, we suggest a proofreading model for regulated 5'-ETS separation and 90S-pre-40S transition.
履歴
登録2017年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3847
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3847
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periodic tryptophan protein 2-like protein
B: Utp2
C: Utp3
D: Utp4
E: Utp6
F: Utp7
G: Utp10
H: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
I: Utp12
J: Utp13
K: Utp14
L: Utp15
M: Utp17
N: Utp18
O: Putative U3 snoRNP protein
P: Utp24
Q: Utp30
R: Nop1
S: Nop1
T: Putative nucleolar protein
U: Nop58
V: Snu13
W: Snu13
X: Rrp9
Y: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
Z: Bms1
a: Imp3
b: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein
c: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein
d: Sof1
e: Emg1
f: Emg1
g: KRR1 small subunit processome component
h: Pre-rRNA-processing protein PNO1
i: RNA cytidine acetyltransferase
j: RNA cytidine acetyltransferase
k: Fcf2
l: 40S ribosomal protein S1
m: 40S ribosomal protein S4
n: 40S ribosomal protein s5-like protein
o: 40S ribosomal protein S6
p: 40S ribosomal protein S7-like protein
q: 40S ribosomal protein S8
r: 40S ribosomal protein s9-like protein
s: 40S ribosomal protein S13-like protein
t: 40S ribosomal protein S14-like protein
u: 40S ribosomal protein S16-like protein
v: 40S ribosomal protein S11-like protein
w: 40S ribosomal protein S22-like protein
x: 40S ribosomal protein s23-like protein
y: 40S ribosomal protein S24
z: 40S ribosomal protein S28-like protein
0: Faf1
1: 35S rRNA
2: U3 snoRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,735,32556
ポリマ－3,735,26055
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
タンパク質 , 32種, 36分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZadef...

#1: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2-like protein / Utp1


分子量: 100817.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SF93
#2: タンパク質 Utp2


分子量: 103960.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SDW0
#3: タンパク質 Utp3


分子量: 73214.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S4H3
#4: タンパク質 Utp4


分子量: 97696.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SCT7
#5: タンパク質 Utp6


分子量: 46924.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S387
#6: タンパク質 Utp7


分子量: 63629.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RZ99
#7: タンパク質 Utp10


分子量: 198508.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S5L1
#8: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 snoRNA-associated protein 11 / Utp11


分子量: 31379.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SF32
#9: タンパク質 Utp12


分子量: 107573.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RZL9
#10: タンパク質 Utp13


分子量: 100430.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SG95
#11: タンパク質 Utp14


分子量: 104741.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S8Y4
#12: タンパク質 Utp15


分子量: 60524.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SEI5
#13: タンパク質 Utp17


分子量: 105039.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SCS8
#14: タンパク質 Utp18


分子量: 69055.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SBN9
#15: タンパク質 Putative U3 snoRNP protein / Utp21


分子量: 115122.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S872
#16: タンパク質 Utp24


分子量: 22267.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SE30
#17: タンパク質 Utp30


分子量: 43700.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S7X0
#18: タンパク質 Nop1


分子量: 32960.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SGY2
#19: タンパク質 Putative nucleolar protein / Nop56


分子量: 57830.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S2U4
#20: タンパク質 Nop58


分子量: 64292.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RYF6
#21: タンパク質 Snu13


分子量: 13831.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SGM0
#22: タンパク質 Rrp9


分子量: 69610.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SG51
#23: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Rcl1


分子量: 43399.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S0B1
#24: タンパク質 Bms1


分子量: 134172.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S445
#25: タンパク質 Imp3


分子量: 21802.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SDL4
#28: タンパク質 Sof1


分子量: 50869.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RY94
#29: タンパク質 Emg1


分子量: 27936.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SAY9
#30: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / KRR-R motif-containing protein 1


分子量: 37500.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S3V7
#31: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Dim2


分子量: 28715.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S3T2
#32: タンパク質 RNA cytidine acetyltransferase / 18S rRNA cytosine acetyltransferase / Kre33


分子量: 119795.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S273, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#33: タンパク質 Fcf2


分子量: 22569.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S4E3
#49: タンパク質 Faf1


分子量: 34576.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S5F1

-
Putative U3 small nucleolar ... , 2種, 2分子 bc

#26: タンパク質 Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein / Imp4


分子量: 34216.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SE90
#27: タンパク質 Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / Mpp10


分子量: 86082.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S9I7

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40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 lmnopqrstuvwxyz

#34: タンパク質 40S ribosomal protein S1 / eS1


分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S7T8
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S4 / eS4


分子量: 29800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S1A6
#36: タンパク質 40S ribosomal protein s5-like protein / uS7


分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S1Z0
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / eS6


分子量: 27490.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RY43
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S7-like protein / eS7


分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S8C4
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / eS8


分子量: 23102.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RY45
#40: タンパク質 40S ribosomal protein s9-like protein / uS4


分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S0Z4
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S13-like protein / uS15


分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RZM9
#42: タンパク質 40S ribosomal protein S14-like protein


分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SFL1
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S16-like protein / uS9


分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SBR7
#44: タンパク質 40S ribosomal protein S11-like protein / eS17


分子量: 18698.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SF00
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S22-like protein / uS8


分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SHI0
#46: タンパク質 40S ribosomal protein s23-like protein / uS12


分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RY17
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / eS24


分子量: 15535.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: P0CU28
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S28-like protein / eS28


分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0S9M9

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RNA鎖 , 2種, 2分子 12

#50: RNA鎖 35S rRNA


分子量: 827801.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
#51: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 87992.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#52: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The 90S Pre-ribosomne / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.5粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION2最終オイラー角割当
12RELION2分類
13RELION2３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
15REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 231121 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007140858
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.137198388
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.15181369
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05924284
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00819361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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