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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ojs | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the SAGA and NuA4 coactivator subunit Tra1 | |||||||||
要素 | Transcription-associated protein 1 | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Coactivator (コアクチベーター) / PIKK / SAGA / NuA4 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / クロマチンリモデリング / DNA修復 / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Diaz-Santin, L.M. / Lukoyanova, N. / Aciyan, E. / Cheung, A.C.M. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of the SAGA and NuA4 coactivator subunit Tra1 at 3.7 angstrom resolution. 著者: Luis Miguel Díaz-Santín / Natasha Lukoyanova / Emir Aciyan / Alan Cm Cheung / 要旨: Coactivator complexes SAGA and NuA4 stimulate transcription by post-translationally modifying chromatin. Both complexes contain the Tra1 subunit, a highly conserved 3744-residue protein from the ...Coactivator complexes SAGA and NuA4 stimulate transcription by post-translationally modifying chromatin. Both complexes contain the Tra1 subunit, a highly conserved 3744-residue protein from the Phosphoinositide 3-Kinase-related kinase (PIKK) family and a direct target for multiple sequence-specific activators. We present the Cryo-EM structure of Tra1 to 3.7 Å resolution, revealing an extensive network of alpha-helical solenoids organized into a diamond ring conformation and is strikingly reminiscent of DNA-PKcs, suggesting a direct role for Tra1 in DNA repair. The structure was fitted into an existing SAGA EM reconstruction and reveals limited contact surfaces to Tra1, hence it does not act as a molecular scaffold within SAGA. Mutations that affect activator targeting are distributed across the Tra1 structure, but also cluster within the N-terminal Finger region, indicating the presence of an activator interaction site. The structure of Tra1 is a key milestone in deciphering the mechanism of multiple coactivator complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ojs.cif.gz | 635.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ojs.ent.gz | 517.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ojs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5ojs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5ojs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 436527.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: TRA1, YHR099W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38811 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tra1 - Transcription-associated protein 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.433 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Agar Scientific | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Two subsequent applications of protein were required to achieve the desired particle density on grids. Each application was followed by 20 sec waiting time, with a short 0.5 sec blotting ...詳細: Two subsequent applications of protein were required to achieve the desired particle density on grids. Each application was followed by 20 sec waiting time, with a short 0.5 sec blotting after first application and 5 sec blotting after the second. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182285 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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