PDB-5o6q: High pressure flash cooled hen egg white lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o6q

タイトル

High pressure flash cooled hen egg white lysozyme

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / high pressure flash cooling / crystal grown without cryoprotectants

機能・相同性

機能・相同性情報

抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation /

beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process /

リゾチーム /

lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Thielmann, Y. / Quirnheim Pais, D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: A standardized technique for high-pressure cooling of protein crystals.
著者: Quirnheim Pais, D. / Rathmann, B. / Koepke, J. / Tomova, C. / Wurzinger, P. / Thielmann, Y.

履歴

登録	2017年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2024年1月17日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o6q.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o6q.ent.gz	52.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o6nC 2vb1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lsa-d 5ole-d 2xbr-d 3exd-d 2d91-d 4h93-d 3tmx-d 4htn-d 4nfv-d 5b06-d 2w1m-d 3az7-d 3txg-d 4prq-3 6qy1-d 1ykx-d 3agg-d 1dpw-d 4g4c-d 4b4i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (2) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.950, 77.950, 37.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-310- HOH
2	1	A-342- HOH
3	1	A-432- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: lysozyme was dissolved in 0.02 M sodium acetate pH 4.6 to yield 20 mg/ml and mixed 1:1 with 0.8 M sodium chloride and 0.1 M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→38.98 Å / Num. obs: 20967 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.9 % / R_merge(I) obs: 0.04809 / R_rim(I) all: 0.04913 / Net I/σ(I): 34.46
反射シェル	解像度: 1.449→1.501 Å / R_merge(I) obs: 1.856 / R_rim(I) all: 1.897

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vb1

2vb1

解像度: 1.45→38.975 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	1970	9.57 %
R_work	0.1724	-	-
obs	0.1748	20592	98.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→38.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	9	135	1144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1081
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.752	1475
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.048	414
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	153
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.449-1.4852	0.318	130	0.3014	1209	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4852-1.5254	0.3031	132	0.2623	1244	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5254-1.5703	0.2511	137	0.2254	1289	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5703-1.621	0.2399	137	0.2194	1292	X-RAY DIFFRACTION	97
1.621-1.6789	0.2776	135	0.1941	1294	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6789-1.7461	0.2365	140	0.2103	1327	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7461-1.8256	0.2716	140	0.1986	1315	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8256-1.9218	0.239	141	0.1912	1340	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9218-2.0422	0.2131	144	0.1909	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0422-2.1999	0.2264	142	0.1709	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1999-2.4213	0.2025	143	0.1771	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4213-2.7715	0.2079	146	0.1863	1380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7715-3.4915	0.1785	146	0.163	1394	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4915-38.9891	0.156	157	0.1436	1485	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0933	0.8213	-1.2294	5.7636	-1.1847	0.8258	-0.4316	0.2561	-0.4375	-0.8704	0.1795	-0.2395	0.5306	0.1939	0.0667	0.4697	-0.005	0.1219	0.2139	-0.0717	0.3241	-16.041	-7.3567	-18.1508
2	3.1559	-3.1453	1.0794	7.483	1.0901	1.5799	0.0417	-0.107	-0.6409	-0.206	-0.0717	0.2523	0.5268	0.1397	0.0502	0.4103	-0.0207	0.0881	0.1867	0.0469	0.3094	-23.4099	-11.9735	-7.695
3	6.8141	3.7592	-0.946	2.2619	-0.8808	1.2507	-0.1563	0.0254	-0.1434	-0.1807	0.0614	-0.0253	0.1528	-0.1018	0.1038	0.2824	-0.0171	0.0244	0.1787	-0.0306	0.2329	-21.6334	0.1889	-15.0398
4	9.2098	3.475	-1.0901	2.8539	-0.0144	3.2345	0.1296	-0.379	0.6931	-0.0609	-0.0041	0.1098	-0.0968	-0.9242	-0.0934	0.2254	0.044	0.048	0.2539	-0.0235	0.266	-19.2911	14.7347	-4.3008
5	7.5369	2.7445	1.1459	3.5755	-2.0248	2.5104	0.0586	-0.5053	0.0266	0.2766	-0.1577	0.0309	0.2665	-0.1141	0.071	0.2158	-0.0115	0.0429	0.2075	0.0002	0.1872	-16.2241	7.316	-2.1481
6	5.4771	-0.2043	-2.1191	2.889	2.8442	3.4808	0.1811	-0.9531	-0.3694	1.0851	-0.4431	0.0042	0.445	-0.1896	0.2556	0.4195	-0.0528	-0.0011	0.43	0.0369	0.2179	-13.7249	4.7695	4.8999
7	7.6929	4.6712	-1.0985	3.8223	-0.1969	0.9302	-0.0762	-0.1168	-0.6532	-0.1211	-0.1359	-0.4282	0.269	0.126	0.2391	0.267	0.0463	0.0471	0.1915	0.0458	0.2961	-13.2086	-2.1641	-6.0457
8	3.5764	-1.45	2.9604	7.9553	-6.0408	9.7862	0.0244	-0.4791	0.1611	0.5184	-0.2146	0.2062	-0.4315	-0.1411	0.1819	0.3329	-0.0138	0.043	0.2825	-0.014	0.2846	-29.1637	0.0615	-5.3593
9	8.2193	-6.1463	-6.0379	6.2912	7.1839	8.6555	-0.2228	0.6528	-1.0071	-0.1562	-0.2283	0.5568	0.8135	-0.6072	0.5132	0.4887	-0.1084	0.0015	0.2387	-0.0666	0.3478	-28.4984	-8.5669	-19.6187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 42 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 43 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 68 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 79 through 99 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 100 through 114 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 115 through 129 )

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