PDB-5o22: E. coli FolD in complex with carolacton

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o22

タイトル

E. coli FolD in complex with carolacton

要素

(Bifunctional protein ...

) x 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / carolacton / FolD /

natural product (天然物化学) /

inhibitor (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+) /

メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ /

methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity /

methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / protein homodimerization activity /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The natural product carolacton inhibits folate-dependent C1 metabolism by targeting FolD/MTHFD.
著者: Fu, C. / Sikandar, A. / Donner, J. / Zaburannyi, N. / Herrmann, J. / Reck, M. / Wagner-Dobler, I. / Koehnke, J. / Muller, R.

履歴

登録	2017年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o22.cif.gz	642.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o22.ent.gz	542.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o22.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/5o22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/5o22	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5o28C 5o2aC 1diaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o28-2 2p0a-d 5o2a-1 4gua-1 3zwm-2 1xet-2 3ngl-d 3l07-d 7cj3-d 5o28-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional protein FolD

B: Bifunctional protein FolD

C: Bifunctional protein FolD

D: Bifunctional protein FolD

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bifunctional protein FolD

B: Bifunctional protein FolD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bifunctional protein FolD

D: Bifunctional protein FolD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.640, 81.016, 100.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Bifunctional protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Bifunctional protein FolD / 分子量: 31189.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lysines reductively methylated 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: folD, ads, b0529, JW0518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P24186, メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+), メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ
#2: タンパク質	Bifunctional protein FolD / 分子量: 31216.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: folD, ads, b0529, JW0518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P24186, メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+), メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ
#3: タンパク質	Bifunctional protein FolD / 分子量: 31162.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: folD, ads, b0529, JW0518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P24186, メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+), メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ
#4: タンパク質	Bifunctional protein FolD / 分子量: 31135.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: folD, ads, b0529, JW0518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P24186, メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+), メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ

-
非ポリマー , 2種, 706分子

#5: 化合物	ChemComp-C3R / Carolacton / カロラクトン分子量: 468.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀O₈
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 30 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→92.95 Å / Num. obs: 86516 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DIA

1dia

解像度: 2.1→45.876 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2056	4258	4.98 %
R_work	0.1748	-	-
obs	0.1763	85476	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8453	0	132	702	9287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.712	11939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.168	5286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1548

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.2678	139	0.2533	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1489	0.3008	131	0.2504	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1489-2.1751	0.2841	154	0.2459	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.3127	122	0.2408	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.2864	120	0.2289	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2621	0.2511	151	0.2184	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2621-2.2945	0.2416	136	0.2139	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.2402	154	0.2091	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.2474	149	0.2104	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.2327	121	0.2017	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4039-2.4453	0.2574	149	0.1928	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4453-2.4898	0.2361	136	0.1959	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4898-2.5377	0.2271	159	0.1855	2699	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5377-2.5895	0.1951	154	0.1802	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5895-2.6458	0.232	153	0.1899	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6458-2.7073	0.2436	146	0.1936	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7073-2.775	0.2145	136	0.1874	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
2.775-2.85	0.2303	122	0.183	2691	X-RAY DIFFRACTION	97
2.85-2.9339	0.2058	126	0.178	2639	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9339-3.0285	0.1935	125	0.1762	2466	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0285-3.1368	0.2041	128	0.1746	2612	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1368-3.2623	0.2159	143	0.1792	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2623-3.4107	0.1987	144	0.17	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4107-3.5905	0.185	183	0.158	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5905-3.8153	0.1924	148	0.1512	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8153-4.1098	0.186	136	0.145	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1098-4.523	0.1533	142	0.131	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
4.523-5.1767	0.1592	173	0.1321	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1767-6.5192	0.2223	126	0.1754	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5192-45.8864	0.1863	152	0.1818	2832	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9324	0.2896	0.2336	4.0289	0.4497	2.2714	0.2054	0.1286	-0.048	-0.3177	-0.5185	0.4063	0.101	-0.2597	0.2681	0.2134	0.0755	-0.0321	0.3271	-0.0868	0.2667	-6.8325	-7.0702	1.1977
2	2.0926	-0.646	0.1895	2.2445	0.4016	0.653	0.1323	0.3482	0.3692	-0.3641	-0.4028	-0.0521	-0.1527	-0.0599	0.1723	0.2353	0.072	0.0371	0.2757	0.0886	0.2867	3.2144	0.9386	0.9516
3	2.4842	0.1917	1.4654	1.7788	1.1101	2.5159	-0.0901	0.0513	-0.7204	0.3252	-0.0786	0.1761	0.9147	-0.4071	0.1404	0.7369	-0.1741	0.2359	0.414	0.0339	0.582	-9.3681	-31.9299	33.2533
4	1.7736	0.519	0.0729	6.7381	0.4711	4.197	0.0367	-0.4085	-0.1603	0.175	0.0358	0.2885	0.1525	-0.2223	-0.0508	0.4729	-0.0032	0.0286	0.5212	0.1219	0.2973	-2.3268	-17.899	42.9185
5	9.2433	-1.9729	-3.2499	5.7067	-0.1034	7.8983	0.4535	-0.3834	0.6503	-0.1196	-0.1129	0.3236	-1.1358	-0.353	-0.3196	0.5962	0.1058	0.0745	0.3137	0.0176	0.2744	-3.9009	-5.7286	37.2887
6	7.4444	-0.3999	-0.4178	7.7365	-2.9338	6.2162	-0.1391	0.1579	-0.4974	0.1295	-0.007	0.1826	0.3314	-0.2881	0.092	0.3225	-0.1095	0.0957	0.2457	-0.0279	0.2505	0.3909	-17.4127	24.683
7	1.8789	-0.1066	-0.3791	2.4105	-0.3632	1.0565	0.0346	0.143	-0.2851	0.3289	-0.3337	0.7295	0.3893	-0.5053	0.1886	0.3352	-0.1767	0.1411	0.5541	-0.2509	0.522	-18.9327	-18.7955	15.0831
8	3.122	1.7077	1.2465	1.3749	0.8973	2.4225	-0.0015	-0.1433	-0.3399	0.3481	-0.2103	0.3846	0.5452	-0.4652	0.0932	0.6532	-0.222	0.2565	0.4019	-0.1257	0.6376	-14.005	-27.0281	25.1443
9	1.6836	0.0464	-0.7181	1.2141	1.0235	1.371	0.0652	0.0702	0.159	-0.1676	0.0603	0.1702	-0.0674	-0.0766	-0.1401	0.2136	-0.0245	-0.0405	0.1936	0.0306	0.2906	-61.0516	-4.4289	6.7832
10	4.3879	-0.3677	0.0896	7.2391	0.52	4.2413	-0.0635	-0.1462	0.5764	-0.0333	-0.0334	0.411	-0.2114	-0.1712	0.1215	0.2093	-0.0091	0.0129	0.2706	-0.0315	0.3905	-63.5814	10.2366	17.8521
11	1.962	2.5197	-1.8167	5.9385	0.3861	5.9299	0.1487	-0.1185	0.221	-0.032	0.1216	-0.2212	0.0151	0.2391	-0.254	0.1736	-0.022	-0.0255	0.22	-0.0721	0.2171	-48.2453	5.2941	16.4051
12	2.2008	1.109	-0.925	2.1932	-0.3734	0.7415	0.0105	0.1449	-0.0704	-0.2084	0.0013	0.0243	0.0742	-0.0303	-0.0213	0.2344	0.0142	-0.051	0.2029	-0.0291	0.2199	-43.0186	4.4725	-2.8077
13	3.7236	-1.3919	-4.8976	1.0832	1.6237	6.4602	0.349	-0.0629	0.6422	-0.0367	0.0606	-0.1942	-0.8636	0.1041	-0.5215	0.4353	-0.0779	0.0428	0.2746	-0.12	0.3204	-29.9996	35.4436	23.7404
14	1.595	1.0343	-0.5282	0.9001	-0.7596	1.6738	0.3946	-0.2961	-0.0435	0.1415	-0.2412	-0.0823	0.2366	0.4502	-0.1067	0.5399	-0.0144	-0.0232	0.5198	-0.1628	0.288	-33.7122	20.8497	38.2084
15	3.9603	-0.3802	1.0354	6.4561	0.0129	4.642	0.1977	-0.4511	-0.2788	0.3785	0.0936	-0.1158	0.5633	-0.1557	-0.2688	0.4364	-0.0917	0.0019	0.3607	-0.0215	0.2606	-41.4056	10.6192	35.5434
16	4.8671	0.3185	2.7508	4.4819	0.0792	2.0555	0.1822	-0.1178	0.0823	0.1052	0.0302	0.1392	0.0233	0.1297	-0.1242	0.2073	-0.0521	0.0412	0.2365	-0.0643	0.2287	-43.5354	17.2248	20.662
17	1.9629	0.3239	-0.072	2.9137	0.5058	2.171	0.0093	0.0588	-0.1138	0.0664	0.1159	-0.2328	-0.011	0.3622	-0.116	0.1942	-0.0132	-0.0069	0.2777	-0.0768	0.2133	-23.6619	19.0266	9.8103
18	2.0235	0.6644	-2.246	2.9517	0.2666	3.6803	0.3396	-0.2346	0.4441	0.0673	-0.1248	0.2224	-0.3411	-0.1824	-0.2328	0.3229	-0.019	0.0393	0.2625	-0.0865	0.2293	-38.5134	26.8832	26.097
19	3.1862	-1.0813	1.71	1.5331	-0.5258	1.403	0.0789	0.1078	0.7211	-0.0752	-0.2376	-0.2319	-0.2062	-0.0415	0.1687	0.2643	0.0041	0.005	0.2367	0.0804	0.3713	9.764	10.1256	9.0621
20	2.1106	-2.456	0.5154	2.9658	-0.9061	0.9911	0.3116	0.4942	0.5824	-0.3068	-0.4354	0.0998	0.2267	-0.0619	0.2046	0.7166	-0.0094	0.0299	0.7906	-0.026	0.8812	21.4724	-3.4579	2.503
21	3.87	-1.4212	-0.4954	1.3854	0.2845	1.3167	-0.2115	0.008	0.1293	0.1884	0.0718	-0.1252	0.0875	-0.0433	0.1462	0.2097	-0.0394	-0.0318	0.1773	0.0058	0.1692	15.1717	-6.0936	17.6845

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 141 through 234 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 235 through 285 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 1 through 50 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 51 through 97 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 98 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 114 through 140 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 141 through 245 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 246 through 285 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 2 through 75 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 76 through 113 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 114 through 140 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 141 through 286 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1 through 28 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 29 through 75 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 76 through 113 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 114 through 140 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 141 through 262 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 263 through 284 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 2 through 41 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 42 through 56 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 57 through 140 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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