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- PDB-5nxd: LIM Domain Kinase 2 (LIMK2) In Complex With TH-300 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nxd
タイトルLIM Domain Kinase 2 (LIMK2) In Complex With TH-300
要素LIM domain kinase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Kinase Actin cytoskeleton Inhibitor DFG-out
機能・相同性
機能・相同性情報


cornea development in camera-type eye / head development / establishment of vesicle localization / astral microtubule organization / negative regulation of cilium assembly / cis-Golgi network / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / EPHB-mediated forward signaling / 紡錘体 ...cornea development in camera-type eye / head development / establishment of vesicle localization / astral microtubule organization / negative regulation of cilium assembly / cis-Golgi network / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / EPHB-mediated forward signaling / 紡錘体 / positive regulation of protein localization to nucleus / actin cytoskeleton organization / 精子形成 / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of protein phosphorylation / リン酸化 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily ...LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9D8 / LIM domain kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mathea, S. / Salah, E. / Hanke, T. / Newman, J.A. / Oerum, S. / Wang, D. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Mathea, S. / Salah, E. / Hanke, T. / Newman, J.A. / Oerum, S. / Wang, D. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: LIM Domain Kinase 2 (LIMK2)In Complex With TH-300
著者: Mathea, S. / Salah, E. / Hanke, T. / Newman, J.A. / Oerum, S. / Wang, D. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N. / Knapp, S.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIM domain kinase 2
B: LIM domain kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6096
ポリマ－69,5992
非ポリマー1,0104
水2,396133
1
A: LIM domain kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3053
ポリマ－34,8001
非ポリマー5052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LIM domain kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3053
ポリマ－34,8001
非ポリマー5052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.275, 66.605, 82.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LIM domain kinase 2 / LIMK-2


分子量: 34799.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 330-632 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53671, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-9D8 / 4-[(3-chlorophenyl)sulfamoyl]-~{N}-(phenylmethyl)-~{N}-propyl-benzamide


分子量: 442.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23ClN2O3S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M bis-tris-propane pH 7.5 0.2 M Na2SO4 10% ethylene glycol 17% PEG3.35K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→66.61 Å / Num. obs: 51845 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2625 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TPT

4tpt


解像度: 1.9→66.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.568 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23042 2594 5 %RANDOM
Rwork0.19485 ---
obs0.19666 49231 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.856 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-0 Å20.03 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→66.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4214 0 68 133 4415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194396
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024127
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91.9675959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07839545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9535540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.11723.977171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47615731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6881516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6292.8022172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6282.8022173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.734.1872703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7294.1872704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1533.0682224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1523.0672225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6974.493256
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.93733.5234913
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.93633.5234914
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.904→1.953 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 188 -
Rwork0.276 3709 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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