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- PDB-5nhu: HUMAN ALPHA THROMBIN COMPLEXED WITH ANOPHELES GAMBIAE cE5 ANTICOA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nhu
タイトルHUMAN ALPHA THROMBIN COMPLEXED WITH ANOPHELES GAMBIAE cE5 ANTICOAGULANT
要素
  • (Prothrombinトロンビン) x 2
  • AGAP008004-PA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / blood clotting (凝固・線溶系) / anticoagulant (抗凝固薬) / thrombin (トロンビン) / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of platelet activation / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / negative regulation of proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / 凝固・線溶系 / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 凝固・線溶系 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Salivary thrombin inhibitor anophelin, mosquito / Thrombin inhibitor from mosquito / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily ...Salivary thrombin inhibitor anophelin, mosquito / Thrombin inhibitor from mosquito / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
トロンビン / AGAP008004-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ripoll-Rozada, J. / Pereira, P.J.B.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Functional analyses yield detailed insight into the mechanism of thrombin inhibition by the antihemostatic salivary protein cE5 from Anopheles gambiae.
著者: Pirone, L. / Ripoll-Rozada, J. / Leone, M. / Ronca, R. / Lombardo, F. / Fiorentino, G. / Andersen, J.F. / Pereira, P.J.B. / Arca, B. / Pedone, E.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Prothrombin
H: Prothrombin
B: Prothrombin
A: Prothrombin
D: Prothrombin
C: Prothrombin
I: AGAP008004-PA
J: AGAP008004-PA
K: AGAP008004-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,17715
ポリマ－128,4449
非ポリマー7336
水13,115728
1
L: Prothrombin
H: Prothrombin
I: AGAP008004-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0595
ポリマ－42,8153
非ポリマー2442
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13540 Å2
手法PISA
2
B: Prothrombin
A: Prothrombin
J: AGAP008004-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0595
ポリマ－42,8153
非ポリマー2442
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
3
D: Prothrombin
C: Prothrombin
K: AGAP008004-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0595
ポリマ－42,8153
非ポリマー2442
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.710, 78.640, 136.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 HACIJK

#2: タンパク質 Prothrombin / トロンビン / thrombin heavy chain / Coagulation factor II


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, トロンビン
#3: タンパク質 AGAP008004-PA / cE5 anticoagulant


分子量: 8937.997 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: AgaP_AGAP008004 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Q3R9

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 6分子 LBD

#1: タンパク質・ペプチド Prothrombin / トロンビン / thrombin light chain / Coagulation factor II


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, トロンビン
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: トロンビン
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 731分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 728 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Drops consisting of equal volumes (1 microliter) of protein complex (at 6.4 mg/mL) and precipitant solution (0.1M PCTP pH 5.0, 25% w/v PEG 1500) equilibrated against a 300 microliter reservoir.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→54.2 Å / Num. obs: 198548 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 9287 / CC1/2: 0.565 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U69

3u69


解像度: 1.45→54.177 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 9835 4.95 %
Rwork0.1792 --
obs0.1803 198522 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→54.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7377 0 45 728 8150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0198612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.66711645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.0623327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1681208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.46650.35363380.33115916X-RAY DIFFRACTION93
1.4665-1.48370.35463090.31535987X-RAY DIFFRACTION93
1.4837-1.50180.33783160.31045875X-RAY DIFFRACTION93
1.5018-1.52080.31523060.29296122X-RAY DIFFRACTION96
1.5208-1.54080.3052960.27646088X-RAY DIFFRACTION94
1.5408-1.56190.2723160.2576190X-RAY DIFFRACTION98
1.5619-1.58430.24533230.24086290X-RAY DIFFRACTION99
1.5843-1.60790.27393620.24076324X-RAY DIFFRACTION99
1.6079-1.6330.27053580.2316308X-RAY DIFFRACTION99
1.633-1.65980.23273240.22246346X-RAY DIFFRACTION99
1.6598-1.68840.25333370.21896308X-RAY DIFFRACTION99
1.6884-1.71910.26193120.22426347X-RAY DIFFRACTION99
1.7191-1.75220.24963150.21756356X-RAY DIFFRACTION99
1.7522-1.7880.2333200.20676342X-RAY DIFFRACTION99
1.788-1.82690.24413360.21676320X-RAY DIFFRACTION99
1.8269-1.86940.23483340.20196341X-RAY DIFFRACTION99
1.8694-1.91610.2173450.1886351X-RAY DIFFRACTION100
1.9161-1.96790.21583250.18336327X-RAY DIFFRACTION99
1.9679-2.02580.21193410.18286332X-RAY DIFFRACTION99
2.0258-2.09120.20943340.17976380X-RAY DIFFRACTION99
2.0912-2.1660.20633340.17626322X-RAY DIFFRACTION99
2.166-2.25270.19033290.176401X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.35520.1993330.16646307X-RAY DIFFRACTION99
2.3552-2.47940.18053320.16736396X-RAY DIFFRACTION100
2.4794-2.63470.21643310.17176377X-RAY DIFFRACTION100
2.6347-2.83810.19223330.16996392X-RAY DIFFRACTION99
2.8381-3.12370.18783120.1756384X-RAY DIFFRACTION99
3.1237-3.57570.1973450.15996392X-RAY DIFFRACTION99
3.5757-4.50460.14353330.13396370X-RAY DIFFRACTION99
4.5046-54.21510.17883060.1666496X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8578-0.3193-0.40533.8871.36266.96840.0617-0.53350.8203-0.0121-0.03-0.0089-1.1577-0.1701-0.05870.30340.0532-0.00370.27330.00870.20450.569718.6233-17.7546
27.4789-5.7724-6.57474.5275.20236.0345-0.1491-0.4058-0.50290.40790.03020.16920.6352-0.12770.1020.2284-0.0133-0.01770.24250.10450.21410.82614.5209-19.1778
39.51985.13-4.73037.0593-4.32783.1148-0.08870.3239-0.6322-0.3661-0.2204-0.53920.32840.3540.33550.24280.0638-0.00330.24420.02090.197313.43472.8943-27.7792
41.69630.9666-0.00052.616-0.52876.5232-0.0112-0.1503-0.21310.0318-0.02790.050.5259-0.14080.03120.13230.0164-0.02570.17850.05620.184-3.28837.8378-30.8687
50.7601-0.10330.01420.5161-0.48942.13610.01940.04630.1059-0.05060.09450.1519-0.188-0.4118-0.12630.21220.063-0.02310.25180.06350.1801-9.860922.8781-35.8425
64.24210.4997-1.48313.5263-1.23074.09880.1520.20010.5104-0.00620.0393-0.1446-0.5405-0.1196-0.23620.22160.0333-0.04040.1480.07090.16971.001130.7977-39.1607
72.62730.5243-1.10672.2325-0.78942.80590.0806-0.1180.16380.09070.0680.0824-0.3295-0.1997-0.12020.18080.04620.00010.18130.02640.1341-4.088823.2841-23.5796
81.7797-2.2257-0.78293.04880.38833.8110.06690.00710.129-0.02760.1032-0.4205-0.07930.4863-0.17530.14880.00680.01610.20460.04580.167813.809913.4738-29.876
93.55020.2038-0.73221.2723-0.43132.16370.03790.35470.0796-0.2546-0.0211-0.0025-0.01980.0227-0.00620.20670.0291-0.01920.17910.03530.12035.479612.9721-42.9937
101.78-0.1921.25931.33360.48124.58080.07640.1556-0.0561-0.1918-0.0056-0.05190.17260.1734-0.0710.13770.023-0.00040.14130.04250.12537.699912.6635-37.8196
119.7505-6.4862-3.94898.43043.71962.225-0.0723-0.40471.29950.12770.2573-0.6807-0.74070.2834-0.20530.3786-0.0179-0.07040.22930.00730.32917.414132.792-28.4633
125.3782-3.0302-1.58941.94031.88545.9039-0.0788-0.0565-0.38920.0988-0.09510.43010.2238-0.64170.13390.17170.0421-0.01750.24110.01620.18429.12747.4724-3.8638
133.6289-4.0561-3.94456.54662.7246.9110.090.19670.8651-0.1517-0.0334-0.1901-0.611-0.38490.00090.23260.0521-0.00410.13380.03180.197115.9815.2787-8.911
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250.59310.9530.37161.44770.54320.78230.179-0.2786-0.5980.1522-0.3609-0.89690.13210.42450.08750.2390.02210.01020.46640.28930.582851.337316.4555-28.019
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282.50070.2176-0.45171.6267-0.18811.6894-0.03850.050.177-0.06160.0394-0.1562-0.14110.1204-0.0130.1795-0.04340.01090.18450.05970.275843.320320.7685-37.379
291.8778-0.52290.0813.7376-0.24761.0987-0.11390.05060.92061.0837-0.4018-1.2111-0.40890.11650.27410.3582-0.0965-0.14050.24590.1220.588637.054722.9265-23.7193
303.1611-0.0391-1.81362.06130.15482.50360.3726-0.16080.3650.3716-0.12560.0194-0.42190.0746-0.21090.3336-0.0754-0.0880.1586-0.01140.255744.878828.6284-29.9159
316.66610.48872.76976.5133-3.40654.0345-0.03220.17520.63450.47870.43660.5442-0.2567-0.4054-0.37850.43840.17940.0121.17380.23910.7305-23.053124.5551-30.6384
327.48882.2177-2.49644.9248-1.08545.1141-0.07880.88790.1403-0.41220.180.14530.057-0.3885-0.11360.28290.0371-0.060.29110.05050.146-4.619418.985-48.8419
335.7151-5.2537-4.68395.46284.54183.9448-0.2381-0.88820.30550.22370.4555-0.23780.06820.5818-0.26630.34010.0695-0.05310.3966-0.04440.221625.09774.196218.6998
348.052-4.6682-0.62513.42731.87983.7824-0.1657-0.3094-0.34490.2886-0.0145-1.18940.62281.16070.10940.29040.1317-0.01770.36610.05130.372537.6203-14.03512.9071
351.93452.410.88853.42871.23511.60670.1601-0.23880.12440.5912-0.2398-0.28520.06830.1006-0.11460.9652-0.1839-0.63690.26330.04661.260149.149922.8754-13.7056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 285 through 299 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 300 through 308 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 309 through 320 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 321 through 334 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 335 through 396 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 397 through 420 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 421 through 442 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 443 through 460 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 461 through 504 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 505 through 563 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 564 through 578 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 288 through 299 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 300 through 308 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 309 through 320 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 321 through 396 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 397 through 442 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 443 through 460 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 461 through 489 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 490 through 504 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 505 through 563 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 564 through 578 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 289 through 299 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 300 through 308 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 309 through 317 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 321 through 375 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 376 through 396 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 397 through 415 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 416 through 460 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 461 through 547 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 548 through 576 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'I' and (resid 36 through 41 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'I' and (resid 42 through 62 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'J' and (resid 35 through 53 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'J' and (resid 54 through 63 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'K' and (resid 52 through 61 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る