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万見
- PDB-5n8o: Cryo EM structure of the conjugative relaxase TraI of the F/R1 pl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n8o
タイトルCryo EM structure of the conjugative relaxase TraI of the F/R1 plasmid system
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA helicase Iヘリカーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Relaxase / Cryo EM (低温電子顕微鏡法) / Helicase (ヘリカーゼ) / translocase (輸送酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNAトポイソメラーゼ / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 代謝 / DNA helicase activity / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase ...DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Multifunctional conjugation protein TraI / DNA helicase I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Ilangovan, A. / Zanetti, G. / Waksman, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM Structure of a Relaxase Reveals the Molecular Basis of DNA Unwinding during Bacterial Conjugation.
著者: Aravindan Ilangovan / Christopher W M Kay / Sandro Roier / Hassane El Mkami / Enrico Salvadori / Ellen L Zechner / Giulia Zanetti / Gabriel Waksman /
要旨: Relaxases play essential roles in conjugation, the main process by which bacteria exchange genetic material, notably antibiotic resistance genes. They are bifunctional enzymes containing a trans- ...Relaxases play essential roles in conjugation, the main process by which bacteria exchange genetic material, notably antibiotic resistance genes. They are bifunctional enzymes containing a trans-esterase activity, which is responsible for nicking the DNA strand to be transferred and for covalent attachment to the resulting 5'-phosphate end, and a helicase activity, which is responsible for unwinding the DNA while it is being transported to a recipient cell. Here we show that these two activities are carried out by two conformers that can both load simultaneously on the origin of transfer DNA. We solve the structure of one of these conformers by cryo electron microscopy to near-atomic resolution, elucidating the molecular basis of helicase function by relaxases and revealing insights into the mechanistic events taking place in the cell prior to substrate transport during conjugation.
履歴
登録2017年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32017年5月31日Group: Structure summary
改定 1.42017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.52017年8月30日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: em_imaging_optics / em_sample_support / em_software
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_sample_support.grid_type ..._em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_sample_support.grid_type / _em_software.fitting_id / _em_software.name / _em_software.version
改定 1.62019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.72020年11月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics
Item: _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector / _em_imaging_optics.phase_plate / _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3601
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA helicase I
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,6442
ポリマ－198,6442
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5120 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area67320 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 DNA helicase I / ヘリカーゼ


分子量: 191996.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: traI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TDU5, UniProt: P14565*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 6647.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1TraI-22mer complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2TraI proteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
322-mer DNA/RNA hybridCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.193 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMtrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2100 mMsodium clorideNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot time 4 sec force 1

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 47619 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.4 sec. / 電子線照射量: 2.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2900 / 詳細: Total exposure 8 sec for a total dose of 50 e-
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
19PHENIX1.11.1モデル精密化
画像処理詳細: Frames were aligned and summed with MotionCor2.
CTF補正詳細: Done within relion software / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 830000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184451 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: Relion automatic procedure / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
詳細: Please see article for details of model building and refinement
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00811560
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.24215708
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.0489621
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0651790
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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