[日本語] English
万見
- PDB-5my2: KS-MAT DI-DOMAIN OF MOUSE FAS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5my2
タイトルKS-MAT DI-DOMAIN OF MOUSE FAS
要素Fatty acid synthase脂肪酸合成酵素
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / MOUSE FATTY-ACID-SYNTHASE KS-MAT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / Fatty acyl-CoA biosynthesis / fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / ether lipid biosynthetic process / : / : / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / neutrophil differentiation ...: / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / Fatty acyl-CoA biosynthesis / fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / ether lipid biosynthetic process / : / : / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / glandular epithelial cell development / : / グリコーゲン / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / acetyl-CoA metabolic process / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-3-hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / modulation by host of viral process / tissue development / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid synthase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / mammary gland development / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / monocyte differentiation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / cellular response to interleukin-4 / fatty acid biosynthetic process / メラノソーム / 炎症 / ゴルジ体 / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1960 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain ...Helix Hairpins - #1960 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Helix Hairpins / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
補酵素A / 脂肪酸合成酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Paithankar, K.S. / Rittner, A. / Vu Huu, K. / Grininger, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: KS-MAT DI-DOMAIN OF MOUSE FAS
著者: Paithankar, K.S. / Rittner, A. / Vu Huu, K. / Grininger, M.
履歴
登録2017年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fatty acid synthase
B: Fatty acid synthase
C: Fatty acid synthase
D: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,5085
ポリマ－368,7404
非ポリマー7681
水0
1
A: Fatty acid synthase
B: Fatty acid synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,3702
ポリマ－184,3702
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area57330 Å2
手法PISA
2
C: Fatty acid synthase
D: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,1383
ポリマ－184,3702
非ポリマー7681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area57110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.565, 345.810, 145.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 852 / Label seq-ID: 1 - 852

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Fatty acid synthase / 脂肪酸合成酵素


分子量: 92185.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fasn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19096, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3- ...参照: UniProt: P19096, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific), oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 % w/v PEG 3350 0.2M Ammonium acteate 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→183.54 Å / Num. obs: 147769 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.754.40.9120.5540.5021.04899.5
14.79-43.754.80.0460.9970.0230.05295.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→183.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 13.576 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.296
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 7262 4.9 %RANDOM
Rwork0.2173 ---
obs0.2189 140489 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 303.01 Å2 / Biso mean: 58.512 Å2 / Biso min: 18.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.57 Å20 Å2
3----4.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→183.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25783 0 48 0 25831
Biso mean--118.22 --
残基数----3396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01926416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0224540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.96835935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.028357005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49753388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.30824.0731095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.165154276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.64615163
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.24062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02129584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025164
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A543180.04
12B543180.04
21A544220.04
22C544220.04
31A533900.07
32D533900.07
41B543340.03
42C543340.03
51B527860.07
52D527860.07
61C529600.07
62D529600.07
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 525 -
Rwork0.336 10328 -
all-10853 -
obs--99.22 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る