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万見
- PDB-5msh: Cowpea mosaic virus top component (CPMV-T) - naturally occurring ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5msh
タイトルCowpea mosaic virus top component (CPMV-T) - naturally occurring empty particles
要素
  • Cowpea mosaic virus large subunit
  • Cowpea mosaic virus small subunit
キーワードVIRUS (ウイルス) / CPMV-M / plant virus (植物ウイルス) / picornavirales (ピコルナウイルス目)
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Hesketh, E.L. / Meshcheriakova, Y. / Thompson, R.F. / Lomonossoff, G.P. / Ranson, N.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L020955/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004596/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The structures of a naturally empty cowpea mosaic virus particle and its genome-containing counterpart by cryo-electron microscopy.
著者: Emma L Hesketh / Yulia Meshcheriakova / Rebecca F Thompson / George P Lomonossoff / Neil A Ranson /
要旨: Cowpea mosaic virus (CPMV) is a picorna-like plant virus. As well as an intrinsic interest in CPMV as a plant pathogen, CPMV is of major interest in biotechnology applications such as nanotechnology. ...Cowpea mosaic virus (CPMV) is a picorna-like plant virus. As well as an intrinsic interest in CPMV as a plant pathogen, CPMV is of major interest in biotechnology applications such as nanotechnology. Here, we report high resolution cryo electron microscopy (cryo-EM) maps of wild type CPMV containing RNA-2, and of naturally-formed empty CPMV capsids. The resolution of these structures is sufficient to visualise large amino acids. We have refined an atomic model for each map and identified an essential amino acid involved in genome encapsidation. This work has furthered our knowledge of Picornavirales genome encapsidation and will assist further work in the development of CPMV as a biotechnological tool.
履歴
登録2017年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3565
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3565
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cowpea mosaic virus small subunit
B: Cowpea mosaic virus large subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8202
ポリマ－61,8202
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24400 Å2
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Cowpea mosaic virus small subunit / / Genome polyprotein M / P2


分子量: 20961.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
株: SB
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: P03599
#2: タンパク質 Cowpea mosaic virus large subunit / / Genome polyprotein M / P2


分子量: 40858.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
株: SB
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: P03599

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cowpea mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
プラスミド: pBinP-S1NT and pBinP-S2NT
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Vigna unguiculata
緩衝液pH: 7.8
試料濃度: 7.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 10000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 350 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1759
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.3粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Rosettaモデル精密化
10RELION1.3初期オイラー角割当
11RELION1.3最終オイラー角割当
12RELION1.3分類
13RELION1.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5594
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4696 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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