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万見
- PDB-5mc4: Crystal Structure of Gly448Arg mutant of Human Prolidase with Mn ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mc4
タイトルCrystal Structure of Gly448Arg mutant of Human Prolidase with Mn ions and GlyPro ligand
要素Xaa-Pro dipeptidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / prolidase / peptidase (プロテアーゼ) / hydrolysis (加水分解) / pita-bread / metalloenzyme (金属タンパク質) / mutation (突然変異)
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / negative regulation of programmed cell death / amino acid metabolic process / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / manganese ion binding / peptidase activity / タンパク質分解 / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily ...Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グリシン / : / HYDROXIDE ION / プロリン / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wilk, P. / Mueller, U. / Dobbek, H. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms.
著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
履歴
登録2016年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase
B: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,12814
ポリマ－107,3102
非ポリマー81812
水11,602644
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area35990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.742, 107.737, 210.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase


分子量: 53654.949 Da / 分子数: 2 / 変異: G448R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

-
非ポリマー , 6種, 656分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド / Hydroxide


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10mM NaBorate, 690-760mM NaCitrate / PH範囲: 7.6-8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月22日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.799→47.971 Å / Num. obs: 109217 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.82 % / Biso Wilson estimate: 26.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.66
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 6.88 % / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.71 Å48.04 Å
Translation7.71 Å48.04 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
XSCALEデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M4J

5m4j


解像度: 1.8→47.97 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 2101 1.92 %
Rwork0.163 --
obs0.164 109215 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7333 0 42 644 8019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07410453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6522886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.799-1.84080.33221370.29956977X-RAY DIFFRACTION98
1.8408-1.88690.30751390.27187087X-RAY DIFFRACTION100
1.8869-1.93790.30061380.25397050X-RAY DIFFRACTION100
1.9379-1.99490.24041400.23087126X-RAY DIFFRACTION100
1.9949-2.05930.21791390.20137076X-RAY DIFFRACTION100
2.0593-2.13290.23821390.18527125X-RAY DIFFRACTION100
2.1329-2.21830.20931390.17037091X-RAY DIFFRACTION100
2.2183-2.31930.18711400.16757126X-RAY DIFFRACTION100
2.3193-2.44150.20871400.15777107X-RAY DIFFRACTION100
2.4415-2.59450.19291400.15467148X-RAY DIFFRACTION100
2.5945-2.79480.1871400.15277152X-RAY DIFFRACTION100
2.7948-3.0760.16271400.15167165X-RAY DIFFRACTION100
3.076-3.5210.18171410.14177180X-RAY DIFFRACTION100
3.521-4.43560.15181420.13197254X-RAY DIFFRACTION100
4.4356-47.98760.19061470.16347450X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1248-0.0437-0.06520.4016-0.0390.023-0.0161-0.0540.02040.16290.00890.0705-0.0788-0.027100.3020.03220.02880.28370.06820.209312.914620.259793.9012
20.4604-0.1033-0.15730.7695-0.06320.44980.0282-0.1483-0.00590.22210.06450.0959-0.0972-0.06040.00030.31060.03410.03920.27040.03460.197614.088221.017196.5468
30.03530.04480.05570.1650.10470.07140.0234-0.095-0.0656-0.02620.0833-0.12180.0112-0.0222-00.27150.0301-0.02110.2434-0.00190.252915.847617.388765.3046
40.4949-0.06930.24580.66380.05930.75420.0605-0.0005-0.2291-0.01220.03450.10560.06060.055700.21420.0209-0.04930.23360.01660.247619.3929-2.914772.0906
50.86650.03970.22750.6591-0.01790.3464-0.0327-0.0029-0.0836-0.05840.027-0.14720.00650.033600.21520.03330.00720.22050.01220.226636.317630.281970.7153
60.01980.0308-0.00140.00910.0147-0.0174-0.1008-0.09740.08630.25370.0315-0.189-0.00640.046100.36750.0605-0.1070.4160.06250.44119.105334.125577.7012
70.9772-0.10760.16281.0405-0.09710.7577-0.1021-0.10640.17910.01670.08060.0697-0.1732-0.08-0.00160.21920.0748-0.02810.18910.00150.219114.696452.875173.5887
86.6263-2.56216.16431.9361-2.18955.7743-0.2406-0.1259-0.0830.23660.14390.1757-0.3355-0.24760.05940.34890.0663-0.07510.30830.0080.560122.38365.848776.2524
90.46691.03270.69213.86322.59771.75040.0146-0.00890.0125-0.03680.03190.00220.06620.0098-0.01820.54630.0959-0.08250.3185-0.03950.482718.896144.641277.8519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 83 THROUGH 212 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 213 THROUGH 271 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 272 THROUGH 483 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 234 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 235 THROUGH 271 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 272 THROUGH 487 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 2 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 2 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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