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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lzg | ||||||
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タイトル | Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with inhibitor PC262 | ||||||
要素 | Cholera enterotoxin subunit B | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / cholera toxin B-pentamer / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / ペリプラズム / host cell plasma membrane / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å | ||||||
データ登録者 | Heggelund, J.E. / Martinsen, T. / Krengel, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Towards new cholera prophylactics and treatment: Crystal structures of bacterial enterotoxins in complex with GM1 mimics. 著者: Heggelund, J.E. / Mackenzie, A. / Martinsen, T. / Benjamin Heim, J. / Cheshev, P. / Bernardi, A. / Krengel, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lzg.cif.gz | 233.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lzg.ent.gz | 190.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lzg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/5lzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/5lzg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 11660.348 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: ctxB, toxB, VC_1456 / 発現宿主: Vibrio sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P01556 |
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-非ポリマー , 6種, 585分子
#2: 化合物 | ChemComp-7BN / ( #3: 化合物 | ChemComp-TRS / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 化合物 | ChemComp-MRD / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M MES/Imidazole buffer, pH 6.5, 10% PEG 1000, 10 % PEG 3350, 10 % MPD, 0.03 M divalent cations |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.991872 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.991872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.12→47.8 Å / Num. obs: 139423 / % possible obs: 74.3 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.94 |
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.19 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / CC1/2: 0.359 / % possible all: 13.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3CHB 解像度: 1.13→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.431 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.565 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→47.8 Å
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拘束条件 |
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