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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lm1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HD-PTP phosphatase in complex with UBAP1 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / coiled coil (コイルドコイル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of adherens junction organization / positive regulation of homophilic cell adhesion / ESCRT I complex / positive regulation of Wnt protein secretion / positive regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of epithelial cell migration / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / early endosome to late endosome transport / membrane fission / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway ...positive regulation of adherens junction organization / positive regulation of homophilic cell adhesion / ESCRT I complex / positive regulation of Wnt protein secretion / positive regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of epithelial cell migration / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / early endosome to late endosome transport / membrane fission / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / endocytic recycling / Interleukin-37 signaling / cilium assembly / 脱リン酸化 / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / プロテインチロシンホスファターゼ / HCMV Late Events / ciliary basal body / ubiquitin binding / protein tyrosine phosphatase activity / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / nuclear body / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Levy, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Structural Basis for Selective Interaction between the ESCRT Regulator HD-PTP and UBAP1. 著者: Gahloth, D. / Levy, C. / Heaven, G. / Stefani, F. / Wunderley, L. / Mould, P. / Cliff, M.J. / Bella, J. / Fielding, A.J. / Woodman, P. / Tabernero, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lm1.cif.gz | 77.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lm1.ent.gz | 60.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lm1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lm1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40162.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN23, KIAA1471 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q9H3S7, プロテインチロシンホスファターゼ |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2227.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZ09*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M KSCN, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→44.82 Å / Num. obs: 15835 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13.55 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: INHOUSE 解像度: 2.55→44.82 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 31.56
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→44.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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