PDB-5leg: Structure of the bacterial sex F pilus (pED208)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5leg

タイトル

Structure of the bacterial sex F pilus (pED208)

要素

Pilin

ピリン

キーワード

PROTEIN FIBRIL /

F-pilus Conjugation Type IV secretion system Phospholipid (分泌)

機能・相同性

TraA /

: / membrane => GO:0016020 / extracellular region /

細胞膜 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE /

ピリン

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Costa, T.R.D. / Ilangovan, I. / Ukleja, M. / Redzej, A. / Santini, J.M. / Smith, T.K. / Egelman, E.H. / Waksman, G.

資金援助

英国,

米国, 3件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structure of the Bacterial Sex F Pilus Reveals an Assembly of a Stoichiometric Protein-Phospholipid Complex.
著者: Tiago R D Costa / Aravindan Ilangovan / Marta Ukleja / Adam Redzej / Joanne M Santini / Terry K Smith / Edward H Egelman / Gabriel Waksman /

要旨: Conjugative pili are widespread bacterial appendages that play important roles in horizontal gene transfer, in spread of antibiotic resistance genes, and as sites of phage attachment. Among ...

履歴

登録	2016年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.name

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-4042 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-4042 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-4042 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

ムービー

登録構造単位
Jmolによる作画
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単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
マップデータ: EMDB-4042
Jmolによる作画
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EMマップとの重ね合わせ
マップデータ: EMDB-4042
UCSF Chimeraによる作画
ダウンロード

EMマップとの重ね合わせ
マップデータ: EMDB-4042
UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア

分子:

Molmil

Jmol/JSmol

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PDBx/mmJSON形式	5leg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5leg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5leg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4042MC 4044C 4046C 5lerC 5lfbC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lfb-d 5719 3aog-d 20994 3397 5w5e-d 10570 9019 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

1A: Pilin

1B: Pilin

1C: Pilin

1D: Pilin

1E: Pilin

1F: Pilin

1G: Pilin

1H: Pilin

1I: Pilin

1J: Pilin

1K: Pilin

1L: Pilin

1M: Pilin

1N: Pilin

1O: Pilin

1P: Pilin

2A: Pilin

2B: Pilin

2C: Pilin

2D: Pilin

2E: Pilin

2F: Pilin

2G: Pilin

2H: Pilin

2I: Pilin

2J: Pilin

2K: Pilin

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2M: Pilin

2N: Pilin

2O: Pilin

2P: Pilin

3A: Pilin

3B: Pilin

3C: Pilin

3D: Pilin

3E: Pilin

3F: Pilin

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3H: Pilin

3I: Pilin

3J: Pilin

3K: Pilin

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3M: Pilin

3N: Pilin

3O: Pilin

3P: Pilin

4A: Pilin

4B: Pilin

4C: Pilin

4D: Pilin

4E: Pilin

4F: Pilin

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4M: Pilin

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4O: Pilin

4P: Pilin

5A: Pilin

5B: Pilin

5C: Pilin

5D: Pilin

5E: Pilin

5F: Pilin

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5J: Pilin

5K: Pilin

5L: Pilin

5M: Pilin

5N: Pilin

5O: Pilin

5P: Pilin

ヘテロ分子

594 kDa, 80 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	... Pilin / ピリン分子量: 6750.250 Da / 分子数: 80 / 断片: UNP Residues 57-119 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P12060
#2: 化合物	... ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol 分子量: 722.970 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素	名称: F-pilus (pED208)filament made by an assembly of a stoichiometric protein-phospholipid complex タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量	値: 6.3 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Lacey
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI POLARA 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影	電子線照射量: 1.67 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	EMAN	2.12	粒子像選択	e2helixboxer
2	SerialEM	3.5.0	画像取得
4	SPIDER	22	CTF補正
7	Coot	0.8.2	モデルフィッティング
9	SPIDER	22	初期オイラー角割当
10	SPIDER	22	最終オイラー角割当
11	SPIDER	22	分類
12	IHRSR,SPIDER	22	３次元再構成
13	PHENIX	1.10.1-2155	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 28.2 ° / 軸方向距離/サブユニット: 12.1 Å / らせん対称軸の対称性: C5

3次元再構成

解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 43952 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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