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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l81 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the PH domain of murine kindlin-3 | ||||||
要素 | Fermitin family homolog 3 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Pleckstrin homology domain / Membrane binding / Integrin activation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell-substrate junction / Platelet degranulation / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin activation / podosome / leukocyte cell-cell adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / cell projection / integrin-mediated signaling pathway ...cell-substrate junction / Platelet degranulation / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin activation / podosome / leukocyte cell-cell adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / cell projection / integrin-mediated signaling pathway / 血小板 / integrin binding / positive regulation of cell migration 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å | ||||||
データ登録者 | Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R.J.C. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017 タイトル: Structure and lipid-binding properties of the kindlin-3 pleckstrin homology domain. 著者: Ni, T. / Kalli, A.C. / Naughton, F.B. / Yates, L.A. / Naneh, O. / Kozorog, M. / Anderluh, G. / Sansom, M.S. / Gilbert, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l81.cif.gz | 124.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5l81.ent.gz | 98.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l81.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l81 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4bbkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16894.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fermt3, Kind3, Urp2 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q8K1B8 #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 4M sodium nitrate, 0.1M sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96861 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→31.73 Å / Num. obs: 12441 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 13.68 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4bbk 解像度: 2.23→31.73 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.75
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→31.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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