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万見
- PDB-5kzn: Metabotropic Glutamate Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kzn
タイトルMetabotropic Glutamate Receptor
要素Metabotropic glutamate receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / mGluR2 / antagonist (受容体拮抗薬) / antidepressent
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / behavioral response to nicotine / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / intracellular glutamate homeostasis / astrocyte projection / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate secretion / glutamate receptor activity ...regulation of response to drug / group II metabotropic glutamate receptor activity / behavioral response to nicotine / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / intracellular glutamate homeostasis / astrocyte projection / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate secretion / glutamate receptor activity / regulation of glutamate secretion / long-term synaptic depression / regulation of dopamine secretion / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to cocaine / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / 遺伝子発現 / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / scaffold protein binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 神経繊維 / 樹状突起 / glutamatergic synapse / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 2 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chappell, M.D. / Li, R. / Smith, S.C. / Dressman, B.A. / Tromiczak, E.G. / Tripp, A.E. / Blanco, M.-J. / Vetman, T. / Quimby, S.J. / Matt, J. ...Chappell, M.D. / Li, R. / Smith, S.C. / Dressman, B.A. / Tromiczak, E.G. / Tripp, A.E. / Blanco, M.-J. / Vetman, T. / Quimby, S.J. / Matt, J. / Britton, T. / Fivush, A.M. / Schkeryantz, J.M. / Mayhugh, D. / Erickson, J.A. / Bures, M. / Jaramillo, C. / Carpintero, M. / de Diego, J.E. / Barberis, M. / Garcia-Cerrada, S. / Soriano, J.F. / Antonysamy, S. / Atwell, S. / MacEwan, I. / Condon, B. / Bradley, C. / Wang, J. / Zhang, A. / Conners, K. / Groshong, C. / Wasserman, S.R. / Koss, J.W. / Witkin, J.M. / Li, X. / Overshiner, C. / Wafford, K.A. / Seidel, W. / Wang, X.-S. / Heinz, B.A. / Swanson, S. / Catlow, J. / Bedwell, D. / Monn, J.A. / Mitch, C.H. / Ornstein, P.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of (1S,2R,3S,4S,5R,6R)-2-Amino-3-[(3,4-difluorophenyl)sulfanylmethyl]-4-hydroxy-bicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic Acid Hydrochloride (LY3020371HCl): A Potent, Metabotropic ...タイトル: Discovery of (1S,2R,3S,4S,5R,6R)-2-Amino-3-[(3,4-difluorophenyl)sulfanylmethyl]-4-hydroxy-bicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic Acid Hydrochloride (LY3020371HCl): A Potent, Metabotropic Glutamate 2/3 Receptor Antagonist with Antidepressant-Like Activity.
著者: Chappell, M.D. / Li, R. / Smith, S.C. / Dressman, B.A. / Tromiczak, E.G. / Tripp, A.E. / Blanco, M.J. / Vetman, T. / Quimby, S.J. / Matt, J. / Britton, T.C. / Fivush, A.M. / Schkeryantz, J.M. ...著者: Chappell, M.D. / Li, R. / Smith, S.C. / Dressman, B.A. / Tromiczak, E.G. / Tripp, A.E. / Blanco, M.J. / Vetman, T. / Quimby, S.J. / Matt, J. / Britton, T.C. / Fivush, A.M. / Schkeryantz, J.M. / Mayhugh, D. / Erickson, J.A. / Bures, M.G. / Jaramillo, C. / Carpintero, M. / Diego, J.E. / Barberis, M. / Garcia-Cerrada, S. / Soriano, J.F. / Antonysamy, S. / Atwell, S. / MacEwan, I. / Condon, B. / Sougias, C. / Wang, J. / Zhang, A. / Conners, K. / Groshong, C. / Wasserman, S.R. / Koss, J.W. / Witkin, J.M. / Li, X. / Overshiner, C. / Wafford, K.A. / Seidel, W. / Wang, X.S. / Heinz, B.A. / Swanson, S. / Catlow, J.T. / Bedwell, D.W. / Monn, J.A. / Mitch, C.H. / Ornstein, P.L.
履歴
登録2016年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7774
ポリマ－63,3111
非ポリマー4673
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.850, 129.850, 252.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 2 / / mGluR2


分子量: 63310.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM2, GPRC1B, MGLUR2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14416
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.58 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Tris HCl pH 8.5,.5% PEG MME 5K, 800mM Potassium Sodium Tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25.17 Å / Biso Wilson estimate: 109.62 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.9519.90.840.91100
2.95-3.1322.20.69111100
3.13-3.3522.20.4981.41100
3.35-3.6121.80.3212.11100
3.61-3.9621.30.2073.11100
3.96-4.4321.60.1245.41100
4.43-5.1121.30.0927.21100
5.11-6.26210.0887.81100
6.26-8.8520.30.0659.91100
8.85-46.75316.90.04613.7199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化解像度: 2.8→25.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9377 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9242 / SU R Cruickshank DPI: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.304 / SU Rfree Blow DPI: 0.242 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.244
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 1598 5.04 %RANDOM
Rwork0.2202 ---
obs0.2216 31717 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4269 Å20 Å20 Å2
2--4.4269 Å20 Å2
3----8.8537 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.401 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→25.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3843 0 29 36 3908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013978HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.175419HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1306SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes602HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3978HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion518SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4316SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 155 5.39 %
Rwork0.2421 2722 -
all0.2442 2877 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -69.1479 Å / Origin y: 56.7575 Å / Origin z: 2.5106 Å
111213212223313233
T-0.2628 Å20.0172 Å20.0496 Å2-0.081 Å20.2764 Å2---0.0929 Å2
L3.7183 °2-1.3878 °2-0.0184 °2-0.7585 °20.1978 °2--0.562 °2
S-0.0823 Å °0.426 Å °0.5437 Å °0.1469 Å °0.0398 Å °0.0813 Å °-0.1868 Å °-0.0457 Å °0.0425 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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