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- PDB-6j73: Crystal structure of IniA from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j73
タイトルCrystal structure of IniA from Mycobacterium smegmatis
要素Isoniazid inducible gene protein IniA
キーワードHYDROLASE / GTPase / dynamin-like / drug-resistance
機能・相同性: / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / GTP binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / membrane / Isoniazid inducible gene protein IniA
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.211 Å
データ登録者Wang, M.F. / Guo, X.Y. / Hu, J.J. / Li, J. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 10件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500201 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFC0840300 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB542800 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CBA02003 中国
National Natural Science Foundation of China813300237 中国
National Natural Science Foundation of China81520108019 中国
National Natural Science Foundation of China31630020 中国
National Natural Science Foundation of China31500607 中国
Chinese Academy of SciencesXDPB10 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Mycobacterial dynamin-like protein IniA mediates membrane fission.
著者: Wang, M. / Guo, X. / Yang, X. / Zhang, B. / Ren, J. / Liu, A. / Ran, Y. / Yan, B. / Chen, F. / Guddat, L.W. / Hu, J. / Li, J. / Rao, Z.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoniazid inducible gene protein IniA
B: Isoniazid inducible gene protein IniA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1712
ポリマ－133,1712
非ポリマー00
水00
1
A: Isoniazid inducible gene protein IniA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5861
ポリマ－66,5861
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoniazid inducible gene protein IniA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5861
ポリマ－66,5861
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.760, 91.760, 137.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Isoniazid inducible gene protein IniA


分子量: 66585.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: iniA, MSMEI_0678 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FE16

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: AAA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 21132 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 54.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.212 / Χ2: 0.546 / Net I/σ(I): 3 / Num. measured all: 110494
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.2-3.265.30.81310740.5720.3940.9040.752100
3.26-3.315.20.72610530.7580.3520.8080.461100
3.31-3.385.30.61910710.8330.2980.6870.464100
3.38-3.455.20.54210320.8640.2620.6030.463100
3.45-3.525.10.46310820.8930.2270.5160.492100
3.52-3.64.70.36310420.9070.1870.4090.462100
3.6-3.694.70.32910560.9170.1680.370.50199.6
3.69-3.795.30.28810620.940.1380.320.51100
3.79-3.915.50.24610380.9660.1150.2720.536100
3.91-4.035.50.20910470.9740.0990.2310.529100
4.03-4.185.50.16310590.980.0770.1810.521100
4.18-4.345.40.1510920.9850.0710.1660.57399.9
4.34-4.545.40.1310360.9890.0620.1440.552100
4.54-4.785.30.10910400.9910.0520.1210.542100
4.78-5.085.10.11910760.990.0580.1330.553100
5.08-5.474.50.13610450.9850.0710.1540.54599.7
5.47-6.025.50.1510460.9840.0710.1660.53699.9
6.02-6.895.50.12310780.9910.0580.1360.601100
6.89-8.675.30.07310500.9960.0350.0810.60599.9
8.67-505.10.05110530.9960.0250.0570.70499.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.211→39.733 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 972 4.61 %
Rwork0.2186 20114 -
obs0.2205 21086 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 170.23 Å2 / Biso mean: 55.4331 Å2 / Biso min: 11.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.211→39.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8359 0 0 0 8359
残基数----1080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.12711514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.133200
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2112-3.38040.27861280.2501290999
3.3804-3.59210.32681480.24242848100
3.5921-3.86920.28851270.2382862100
3.8692-4.25820.24521510.21732903100
4.2582-4.87340.24131740.20132823100
4.8734-6.13630.27931040.24142920100
6.1363-39.7330.2111400.182284999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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