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- PDB-5kvp: Solution structure of the catalytic domain of zoocin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvp
タイトルSolution structure of the catalytic domain of zoocin A
要素Zoocin A endopeptidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / exoenzyme / anti-microbial / endopeptidase (エンドペプチダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


lysostaphin / carbohydrate transport / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Lytic exoenzyme, target recognition domain / Lytic exoenzyme, target recognition domain superfamily / Target recognition domain of lytic exoenzyme / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Peptidase, M23/M37 family
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus equi subsp. zooepidemicus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Timkovich, R. / Xing, M. / Simmonds, R.S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Solution structure of the Cys74 to Ala74 mutant of the recombinant catalytic domain of Zoocin A.
著者: Xing, M. / Simmonds, R.S. / Timkovich, R.
履歴
登録2016年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_database_related / pdbx_nmr_ensemble
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zoocin A endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9193
ポリマ－16,8541
非ポリマー652
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Zoocin A endopeptidase


分子量: 16853.678 Da / 分子数: 1 / 変異: C85A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus equi subsp. zooepidemicus (バクテリア)
遺伝子: zooA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O54308
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
非ポリマーの詳細The oxygen atom in UNL ligand comes from water or phosphate ions in the buffer

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HN(CO)CA
1251isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D HNHA
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D 1H-13C NOESY
1101isotropic13D CCC-TOCSY
1111isotropic13D HCC-TOCSY
2122isotropic12D 1H-15N HSQC
2132isotropic13D HNCO
2142isotropic13D HNCA
2262isotropic13D HN(CA)CO
2152isotropic13D HN(CA)CB
2162isotropic13D HN(CO)CA
2172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
2182isotropic13D HNHA
2192isotropic13D 1H-15N NOESY
2202isotropic13D 1H-13C NOESY
2212isotropic13D CCC-TOCSY
2222isotropic13D HCC-TOCSY
3233isotropic12D 1H-15N HSQC
3243isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution110 mM potassium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 1.1 mM [U-95% 13C; U-90% 15N] Protein, 95% H2O/5% D2O1.1 MM [U-95% 13C; U-90% 15N] Protein95% H2O/5% D2O
solution210 mM potassium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 0.5 mM [U-95% 13C; U-90% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O0.5 MM [U-95% 13C; U-90% 15N] Protein95% H2O/5% D2O
solution310 mM potassium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 1.0 mM [U-90% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.1 mMsodium azidenatural abundance1
1.1 mMProtein[U-95% 13C; U-90% 15N]1
10 mMpotassium phosphatenatural abundance2
0.1 mMsodium azidenatural abundance2
0.5 mMprotein[U-95% 13C; U-90% 15N]2
10 mMpotassium phosphatenatural abundance3
0.1 mMsodium azidenatural abundance3
1.0 mMprotein[U-90% 15N]3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
10.02 M1.1 MM [U-95% 13C; U-90% 15N] Protein_condition5.6 1.0 atm297 K
20.02 M0.5 MM [U-95% 13C; U-90% 15N] Protein_condition5.6 1 atm297 K
30.02 M15N_sample_condition5.6 1 atm297 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3BRUNGER, ADAMS, CLORE, GROS, NILGES AND READ精密化
CNS1.3構造決定
NMRView構造決定
NMRPipe構造決定
NMRDraw構造決定
TALOS+構造決定
TopSpin1.2構造決定
DEEPVIEW/SWISS-PDB VIEWER構造決定
PROCHECKNMR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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