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- PDB-5k9t: SecA-N68, a C-terminal truncation of the SecA ATPase from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9t
タイトルSecA-N68, a C-terminal truncation of the SecA ATPase from E. coli
要素Protein translocase subunit SecA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / preprotein translocase / SecA-N68 / ATPase (ATPアーゼ) / C-terminal truncation / N-terminus (N末端) / peptide binding (ペプチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site ...Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Shilton, B.H. / Vezina, G.C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: An alternate mode of oligomerization for E. coli SecA.
著者: Yazdi, A.K. / Vezina, G.C. / Shilton, B.H.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7383
ポリマ－64,2871
非ポリマー4522
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.065, 64.450, 87.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecA


分子量: 64286.848 Da / 分子数: 1
変異: entropy-reducing mutations E55A, K56A, E58A, E196A, and E197A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain 55989 / EAEC) (大腸菌)
株: 55989 / EAEC / 遺伝子: secA, EC55989_0094 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7LFW8
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 18% PEG 3000, and 0.9% w/v cadaverine; 18 mg/mL protein concentration. Cryoprotectant included 18% PEG 3000 and 20% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.105535 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.105535 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→84.623 Å / Num. obs: 22456 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 35.03 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/av σ(I): 5.858 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.59-2.7340.5111.5196.8
2.73-2.940.382199.9
2.9-3.14.10.2692.91100
3.1-3.354.10.1744.41100
3.35-3.674.10.1265.91100
3.67-4.14.10.1116.31100
4.1-4.734.10.0729.11100
4.73-5.84.10.06510.4199.8
5.8-8.240.04614.7199.6
8.2-40.8683.90.02820197.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BXZ and 5K94

3bxz

5k94


解像度: 2.6→17.916 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 2216 9.93 %
Rwork0.1956 20100 -
obs0.2009 22316 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.23 Å2 / Biso mean: 47.7153 Å2 / Biso min: 7.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→17.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4503 0 40 120 4663
Biso mean--27.11 29.2 -
残基数----576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7696225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0282805
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6001-2.65640.34561270.24751233136099
2.6564-2.7180.35621380.24212461384100
2.718-2.78570.28511410.227112521393100
2.7857-2.86080.29841330.223712361369100
2.8608-2.94460.24971450.217912731418100
2.9446-3.03920.29271360.218412461382100
3.0392-3.14730.28171370.231312331370100
3.1473-3.27250.28031390.228912631402100
3.2725-3.42050.32351400.228112441384100
3.4205-3.59950.27081400.215212551395100
3.5995-3.82290.22961350.199512721407100
3.8229-4.11480.22721370.185412561393100
4.1148-4.52290.20831420.160512701412100
4.5229-5.16360.19771410.152112741415100
5.1636-6.45460.22631400.189412561396100
6.4546-17.91610.19471450.14961291143699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2358-0.16990.03151.3177-0.49760.64360.0013-0.04610.0925-0.00660.0277-0.0077-0.07140.0014-0.03270.14510.00310.00580.1513-0.05780.149911.033614.48696.0752
2-0.1131-0.0384-0.22160.3324-1.36630.82740.0026-0.0254-0.0864-0.15260.01940.07350.4315-0.04790.02790.8575-0.12640.03910.40120.02440.38157.1929-29.757634.8081
31.2491-0.50330.64130.7672-0.39831.0562-0.1728-0.29780.1680.18310.1434-0.2163-0.02980.0306-0.0030.19360.0534-0.0050.293-0.10920.253935.842711.320717.44
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 215 )A15 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 216 through 383 )A216 - 383
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 384 through 590 )A384 - 590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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