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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k0x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of the proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER in complex with inhibitor UNC2541 | ||||||
要素 | Tyrosine-protein kinase Mer | ||||||
キーワード | Transferase/Transferase Inhibitor / Macrocyclic (大員環化合物) / Drug Design (医薬品設計) / Fibrinolytic Agents / Protein Kinase Inhibitors / Proto-Oncogene Proteins (がん遺伝子) / Pyrimidines (ピリミジン) / Receptor Protein-Tyrosine Kinases (受容体型チロシンキナーゼ) / Structure-Activity Relationship / Thrombosis (血栓症) / Transferase-Transferase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / positive regulation of phagocytosis / 食作用 ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / positive regulation of phagocytosis / 食作用 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / establishment of localization in cell / Cell surface interactions at the vascular wall / 受容体型チロシンキナーゼ / 凝固・線溶系 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / 遊走 / retina development in camera-type eye / cell-cell signaling / nervous system development / 精子形成 / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / protein phosphorylation / extracellular space / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.231 Å | ||||||
データ登録者 | McIver, A.L. / Zhang, W. / Liu, Q. / Jiang, X. / Stashko, M.A. / Nichols, J. / Miley, M.J. / Norris-Drouin, J. / Machius, M. / DeRyckere, D. ...McIver, A.L. / Zhang, W. / Liu, Q. / Jiang, X. / Stashko, M.A. / Nichols, J. / Miley, M.J. / Norris-Drouin, J. / Machius, M. / DeRyckere, D. / Wood, E. / Graham, D.K. / Earp, H.S. / Kireev, D. / Frye, S.V. / Wang, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2017 タイトル: Discovery of Macrocyclic Pyrimidines as MerTK-Specific Inhibitors. 著者: McIver, A.L. / Zhang, W. / Liu, Q. / Jiang, X. / Stashko, M.A. / Nichols, J. / Miley, M.J. / Norris-Drouin, J. / Machius, M. / DeRyckere, D. / Wood, E. / Graham, D.K. / Earp, H.S. / Kireev, D. ...著者: McIver, A.L. / Zhang, W. / Liu, Q. / Jiang, X. / Stashko, M.A. / Nichols, J. / Miley, M.J. / Norris-Drouin, J. / Machius, M. / DeRyckere, D. / Wood, E. / Graham, D.K. / Earp, H.S. / Kireev, D. / Frye, S.V. / Wang, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k0x.cif.gz | 213.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k0x.ent.gz | 171.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k0x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3brbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35889.434 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, UNP residues 570-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MERTK, MER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q12866, 受容体型チロシンキナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 % |
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結晶化 | 温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein at 32.5 mg/mL (in 20 mM Tris pH 8.0, 500 mM NaCl, 2mM BME) was incubated overnight with inhibitor at 2.5 mM final concentration, and then was mixed 1:1 with crystallization solution ...詳細: Protein at 32.5 mg/mL (in 20 mM Tris pH 8.0, 500 mM NaCl, 2mM BME) was incubated overnight with inhibitor at 2.5 mM final concentration, and then was mixed 1:1 with crystallization solution (27-33% (v/v) Peg 400, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris pH 8.5). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 30743 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3BRB 解像度: 2.231→27.864 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.63
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 178.81 Å2 / Biso mean: 48.6854 Å2 / Biso min: 5.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.231→27.864 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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