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- PDB-5k0s: Crystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k0s
タイトルCrystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucella melitensis in complex with inhibitor Chem 1312
要素Methionine--tRNA ligase
キーワードligase/ligase inhibitor / SSGCID / MetRS / methionyl-tRNA synthetase (メチオニンtRNAリガーゼ) / protein biosynthesis (タンパク質生合成) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / LIGASE (リガーゼ) / ligase-ligase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


メチオニンtRNAリガーゼ / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / メチオニンtRNAリガーゼ / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / メチオニンtRNAリガーゼ / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0OU / Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella suis biovar 1 (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Brucella melitensis Methionyl-tRNA-Synthetase (MetRS), a Potential Drug Target for Brucellosis.
著者: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. / ...著者: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年5月25日ID: 4LNE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine--tRNA ligase
B: Methionine--tRNA ligase
C: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,1426
ポリマ－181,0133
非ポリマー1,1293
水3,945219
1
A: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7142
ポリマ－60,3381
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7142
ポリマ－60,3381
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7142
ポリマ－60,3381
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.270, 99.740, 104.630
Angle α, β, γ (deg.)110.580, 87.630, 99.910
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 60337.766 Da / 分子数: 3 / 断片: BrabA.10201.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella suis biovar 1 (strain 1330) (ブタ流産菌)
株: 1330 / 遺伝子: metG, BR0995, BS1330_I0991 / プラスミド: BrabA.10201.a.A1metG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P59078, メチオニンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-0OU / 2-({3-[(3,5-dichlorobenzyl)amino]propyl}amino)quinolin-4(1H)-one / 2-[3-(3,5-ジクロロベンジルアミノ)プロピルアミノ]-1,4-ジヒドロキノリン-4-オン


分子量: 376.280 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19Cl2N3O
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: BrabA.10201.a.A1.PW37326 at 21.4 mg/ml was mixed 1:1 with PACT(d2): 100 mM MMT buffer, pH=5.0, 25% (w/v) PEG-1500, cryoprotected with 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月9日
放射モノクロメーター: Double Si with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 63652 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 40.52 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.43
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.462.40.5252.13185.2
2.46-2.530.4522.51197.4
2.53-2.60.3722.98197.6
2.6-2.680.2853.87197.4
2.68-2.770.2474.19197.7
2.77-2.870.2055.09197.7
2.87-2.980.1596.4198
2.98-3.10.1257.85197.9
3.1-3.240.09310.05197.9
3.24-3.390.07611.7198.1
3.39-3.580.06214.03198.1
3.58-3.790.04221.24190.6
3.79-4.060.04220.94194
4.06-4.380.03322.78198.2
4.38-4.80.02724.82198.7
4.8-5.370.02923.48198.2
5.37-6.20.03522.24198.8
6.2-7.590.02724.97198.6
7.59-10.730.01932.05198.6
10.730.01934.35187.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2405精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4DLP

4dlp


解像度: 2.45→34.925 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 3027 5.01 %
Rwork0.2102 --
obs0.2125 60396 97.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.76 Å2 / Biso mean: 43.2893 Å2 / Biso min: 20.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→34.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11444 0 75 219 11738
Biso mean--49.72 41.76 -
残基数----1478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57716178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9036957
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.48820.31121480.25492629277797
2.4882-2.5290.32171330.24692604273797
2.529-2.57260.2681260.23942610273698
2.5726-2.61940.29951340.24182619275398
2.6194-2.66970.33871490.24152652280198
2.6697-2.72420.28171410.24062555269698
2.7242-2.78340.2641360.22392623275998
2.7834-2.84810.2661460.22752667281398
2.8481-2.91930.31611130.21682604271798
2.9193-2.99820.28181420.22732650279298
2.9982-3.08640.24461410.23252591273298
3.0864-3.18590.26191420.22452622276498
3.1859-3.29970.31171510.24432641279298
3.2997-3.43170.30181570.26512602275998
3.4317-3.58780.25361260.23352624275098
3.5878-3.77670.41441200.33882439255990
3.7767-4.0130.27451260.22832502262894
4.013-4.32240.18951550.15732611276699
4.3224-4.75640.16251530.13372605275899
4.7564-5.44240.18251430.14512655279899
5.4424-6.84840.21341380.16782650278899
6.8484-34.92890.16831070.14012614272196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33320.3010.1910.38010.57321.75370.019-0.00970.00890.04150.062-0.09790.1490.0062-0.08370.28890.0382-0.01710.27580.04440.387120.96429.394618.0632
21.2973-1.6810.97424.53940.18533.66480.40910.1387-0.2346-0.466-0.3645-0.9315-0.511-0.13510.00430.2877-0.0384-0.07520.31760.0880.514348.40971.5527-4.3877
31.11310.0928-0.12721.67211.26182.2014-0.07840.1032-0.0207-0.1130.1943-0.2358-0.26290.2767-0.11780.2469-0.0570.00550.2773-0.010.286524.834314.93486.4032
41.3307-0.4039-0.17032.06011.06881.6726-0.0922-0.1123-0.19020.2810.172-0.18040.13280.2112-0.1070.32710.0313-0.06570.35230.0520.329124.95533.328842.5536
52.2692-0.93770.79251.355-1.19211.2595-0.0606-0.31080.04070.01260.1990.109-0.0145-0.2936-0.13390.2292-0.0399-0.0440.2896-0.03280.28698.4728-32.832234.5637
61.69321.2511-0.18175.96-0.77933.00290.70290.05860.55790.9018-0.75740.71660.01570.07170.080.6765-0.02140.18250.5047-0.10350.582930.791-24.150453.3291
71.1061-0.93990.75972.0376-1.23291.5517-0.0475-0.03270.0289-0.011-0.0433-0.0777-0.0283-0.07530.10010.2603-0.016-0.02880.2958-0.01220.246319.3191-33.874732.5447
81.306-0.02110.68461.4550.06723.04090.11660.0278-0.0133-0.2267-0.16350.09410.0915-0.16280.03450.25540.0086-0.02640.304-0.00210.27313.1711-19.07641.4747
90.7792-0.41560.20950.98880.97181.5274-0.05920.1224-0.1969-0.1593-0.00160.13770.0476-0.17050.03610.4333-0.09260.1120.34060.0080.3597-7.34967.524170.9409
102.4091.0185-1.5132.06450.00061.9691-0.27440.30340.2432-0.25680.3419-0.4195-0.2703-0.5108-0.02350.5177-0.02510.02550.68090.13940.5065-3.846136.121755.9706
111.6939-0.77210.31062.79990.47272.18580.02390.1015-0.029-0.24440.0274-0.2414-0.1855-0.0383-0.06030.4017-0.01290.12120.24380.00430.2513-2.235417.85376.248
121.9918-1.38980.41061.7137-0.86451.27670.22470.2416-0.0746-0.3623-0.18-0.01790.09930.2512-0.04880.4009-0.02560.03560.2912-0.06110.333618.643-15.650270.8276
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:122)A3 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 123:159)A123 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 160:311)A160 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 312:508)A312 - 508
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 3:122)B3 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 123:162)B123 - 162
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 163:331)B163 - 331
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 332:509)B332 - 509
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 3:124)C3 - 124
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 125:162)C125 - 162
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 163:313)C163 - 313
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 314:510)C314 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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