PDB-5jt9: Thermolysin in complex with JC106.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jt9

タイトル

Thermolysin in complex with JC106.

要素

Thermolysin

テルモリシン

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

METALLOPROTEASE (金属プロテアーゼ) / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

テルモリシン /

metalloendopeptidase activity /

タンパク質分解 / extracellular region /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Rational Design of Thermodynamic and Kinetic Binding Profiles by Optimizing Surface Water Networks Coating Protein-Bound Ligands.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Betz, M. / Fridh, V. / Karlsson, R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jt9.cif.gz	206.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jt9.ent.gz	166.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jt9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/5jt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/5jt9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5js3C 5jssC 5jviC 5jxnC 5l3uC 5l41C 5l8pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ma7-d 5n34-d 5taj-d 6yi6-d 3do2-d 5wr2-d 5lif-d 1kto-d 3t8h-d 6sbk-d 5onr-d 5js3-d 4mxj-d 6fj2-d 5fxn-d 5m9w-d 3do1-d 8tln-d 1pe5-d 4tmn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.547, 92.547, 131.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-774- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / テルモリシン / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, テルモリシン

-
非ポリマー , 6種, 436分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-7AF / ~{N}-[(2~{S})-1-[[(2~{S})-2,3-dimethylbutyl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphonamidic acid 分子量: 441.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₃O₅P
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / Density meas: 47.64 Mg/m³ / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月9日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→50 Å / Num. obs: 89582 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.04 % / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 21.75
反射シェル	解像度: 1.26→1.34 Å / 冗長度: 16.92 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5.52 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.26→34.2 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 8.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1207	4478	5 %
R_work	0.103	-	-
obs	0.1039	89573	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→34.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2419	0	63	424	2906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2601
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.115	3548
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.656	907
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	375
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2598-1.2741	0.1591	143	0.1191	2708	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2741-1.2891	0.1475	147	0.1112	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2891-1.3048	0.1323	148	0.1018	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3048-1.3213	0.1281	146	0.1003	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3213-1.3387	0.1199	148	0.1002	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3387-1.357	0.142	146	0.1004	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.357-1.3764	0.1114	148	0.095	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3764-1.397	0.1351	148	0.099	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.397-1.4188	0.1141	147	0.0931	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4188-1.442	0.1474	147	0.0929	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
1.442-1.4669	0.1069	147	0.0874	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4669-1.4936	0.1083	150	0.085	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4936-1.5223	0.12	147	0.0832	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5223-1.5534	0.0999	147	0.0808	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5534-1.5872	0.1258	148	0.08	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5872-1.6241	0.088	149	0.0822	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6241-1.6647	0.1097	146	0.0825	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6647-1.7097	0.1201	150	0.0847	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7097-1.76	0.1011	149	0.089	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8168	0.1019	149	0.0896	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8168-1.8817	0.1192	149	0.0909	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8817-1.9571	0.1141	150	0.0967	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9571-2.0461	0.1029	149	0.0959	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0461-2.154	0.1144	151	0.0938	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.154-2.2889	0.1145	151	0.0981	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2889-2.4656	0.1055	151	0.0998	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4656-2.7136	0.1293	153	0.1037	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7136-3.1061	0.1218	153	0.1072	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1061-3.9125	0.1255	156	0.1207	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9125-34.2123	0.1467	165	0.1435	3136	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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