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- PDB-5jjq: Crystal structure of IdnL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jjq
タイトルCrystal structure of IdnL1
要素AMP-dependent synthetase and ligase
キーワードLIGASE / Five layered alpha-beta-alpha-beta-alpha sandwich fold / ATP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine:D-alanyl carrier protein ligase-like / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6L1 / AMP-dependent synthetase and ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. ML694-90F3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cieslak, J. / Miyanaga, A. / Kudo, F. / Eguchi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science25850050 日本
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Biochemical characterization and structural insight into aliphatic beta-amino acid adenylation enzymes IdnL1 and CmiS6
著者: Cieslak, J. / Miyanaga, A. / Takaku, R. / Takaishi, M. / Amagai, K. / Kudo, F. / Eguchi, T.
履歴
登録2016年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP-dependent synthetase and ligase
B: AMP-dependent synthetase and ligase
C: AMP-dependent synthetase and ligase
D: AMP-dependent synthetase and ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,29112
ポリマ－236,4204
非ポリマー1,8718
水4,450247
1
A: AMP-dependent synthetase and ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5733
ポリマ－59,1051
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21990 Å2
手法PISA
2
B: AMP-dependent synthetase and ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5733
ポリマ－59,1051
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
3
C: AMP-dependent synthetase and ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5733
ポリマ－59,1051
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22170 Å2
手法PISA
4
D: AMP-dependent synthetase and ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5733
ポリマ－59,1051
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.750, 104.450, 120.000
Angle α, β, γ (deg.)81.78, 83.01, 81.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA9 - 50829 - 528
21ALAALABB9 - 50829 - 528
12ALAALAAA9 - 50829 - 528
22ALAALACC9 - 50829 - 528
13ALAALAAA9 - 50829 - 528
23ALAALADD9 - 50829 - 528
14ALAALABB9 - 50829 - 528
24ALAALACC9 - 50829 - 528
15VALVALBB5 - 50825 - 528
25VALVALDD5 - 50825 - 528
16ALAALACC9 - 50829 - 528
26ALAALADD9 - 50829 - 528

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
AMP-dependent synthetase and ligase


分子量: 59104.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. ML694-90F3 (バクテリア)
遺伝子: idnL1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077KT11
#2: 化合物
ChemComp-6L1 / 5'-O-[(R)-{[(3S)-3-aminobutanoyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 432.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N6O8P
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.8 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, sodium citrate, potassium chloride, ATP, magnesium chloride, (S)-3-aminobutyrate, Tris, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→59.51 Å / Num. obs: 90052 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
iMOSFLM1.0.7データ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JJP

5jjp


解像度: 2.6→59.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 11.499 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.301 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26517 4516 5 %RANDOM
Rwork0.23376 ---
obs0.23532 85526 94.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.721 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.02 Å2-1.7 Å2-1.44 Å2
2--4.08 Å22.73 Å2
3---1.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→59.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14718 0 120 247 15085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01915224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0214597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.99320751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1513.00333512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.81551944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.29222.168641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.37152281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.98315162
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02117271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A288910.06
12B288910.06
21A291820.06
22C291820.06
31A284830.07
32D284830.07
41B288660.06
42C288660.06
51B289980.06
52D289980.06
61C284250.07
62D284250.07
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 373 -
Rwork0.345 6318 -
obs--94.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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