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万見
- PDB-5jdb: Binding specificity of P[8] VP8* proteins of rotavirus vaccine st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jdb
タイトルBinding specificity of P[8] VP8* proteins of rotavirus vaccine strains with histo-blood group antigens
要素Outer capsid protein VP4
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / rotavirus (ロタウイルス) / VP8 / vaccine (ワクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Sun, X. / Guo, N. / Li, D. / Zhou, Y. / Jin, M. / Xie, G. / Pang, L. / Zhang, Q. / Cao, Y. / Duan, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation31500139 中国
National Natural Science Foundation81472003 中国
引用ジャーナル: Virology / 年: 2016
タイトル: Binding specificity of P[8] VP8* proteins of rotavirus vaccine strains with histo-blood group antigens.
著者: Sun, X. / Guo, N. / Li, D. / Jin, M. / Zhou, Y. / Xie, G. / Pang, L. / Zhang, Q. / Cao, Y. / Duan, Z.J.
履歴
登録2016年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
C: Outer capsid protein VP4
D: Outer capsid protein VP4
E: Outer capsid protein VP4
F: Outer capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9246
ポリマ－110,9246
非ポリマー00
水8,701483
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.428, 114.931, 73.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Outer capsid protein VP4


分子量: 18487.377 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 64-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: E2EA82
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 83986 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DWR

2dwr


解像度: 1.901→28.98 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 4086 4.87 %
Rwork0.2022 --
obs0.2036 83821 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.82 Å2 / Biso mean: 33.6432 Å2 / Biso min: 13.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.901→28.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7848 0 0 483 8331
Biso mean---39.48 -
残基数----960
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41250.0546-0.0741.49740.57690.9518-0.08760.02460.1171-0.25470.01520.0903-0.157-0.0371-0.00160.21620.004-0.0310.18860.02940.249196.152326.55355.1688
20.2642-0.3864-0.15211.1703-0.07350.8055-0.0631-0.09520.14380.1341-0.0151-0.1237-0.07980.056-0.00010.1702-0.0278-0.04720.2331-0.03270.312966.001425.255732.932
30.5949-0.0678-0.08451.1135-0.25970.6986-0.00110.06170.1637-0.0954-0.096-0.11040.04790.0028-0.00050.19140.00130.01220.21570.05690.262560.127528.97051.1438
40.60630.0521-0.00571.37370.31171.03340.0044-0.06260.11610.1458-0.06970.0370.0324-0.011-0.0060.1843-0.00940.00850.2044-0.06560.1825102.211827.016637.0798
51.01180.43550.17891.0579-0.23321.0809-0.00460.0129-0.1729-0.0735-0.054-0.2230.09190.0186-0.00040.14150.01390.03260.15140.01020.247162.8616-0.897914.08
60.7312-0.13140.22480.8362-0.07311.10110.0136-0.0586-0.05890.0038-0.03940.11780.08990.0133-00.1547-0.01480.02050.15620.00070.17699.2497-1.289821.5478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE1 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF1 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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