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Yorodumi- PDB-6k2n: Structural basis of glycan recognition in globally predominant hu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6k2n | |||||||||
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Title | Structural basis of glycan recognition in globally predominant human P[8] rotavirus | |||||||||
Components | Outer capsid protein VP4 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / glycan binding specificity / VP8* structure / mucin core 2 / lacto-N-fucopentaose 1 (LNFP1) | |||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rotavirus A | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Duan, Z. / Sun, Z. | |||||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Virol Sin / Year: 2020 Title: Structural Basis of Glycan Recognition in Globally Predominant Human P[8] Rotavirus. Authors: Sun, X. / Dang, L. / Li, D. / Qi, J. / Wang, M. / Chai, W. / Zhang, Q. / Wang, H. / Bai, R. / Tan, M. / Duan, Z. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6k2n.cif.gz | 424.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6k2n.ent.gz | 347.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6k2n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6k2n_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6k2n_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6k2n_validation.xml.gz | 43.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6k2n_validation.cif.gz | 63.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k2n | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6k2oC 5jdbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18487.377 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 64-223 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rotavirus A Production host: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (others) References: UniProt: E2EA82 #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2.0 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 113 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97774 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 16, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97774 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 99560 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 18.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 21.597 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 99560 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JDB Resolution: 1.8→46.695 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.02
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.4 Å2 / Biso mean: 24.8501 Å2 / Biso min: 6.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→46.695 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -14.6553 Å / Origin y: 15.2505 Å / Origin z: -18.0265 Å
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Refinement TLS group |
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