PDB-6k2o: Structural basis of glycan recognition in globally predominant hu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k2o

タイトル

Structural basis of glycan recognition in globally predominant human P[8] rotavirus

要素

Outer capsid protein VP4

キーワード

VIRAL PROTEIN / glycan binding specificity / VP8* structure / mucin core 2 / lacto-N-fucopentaose 1 (LNFP1)

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rotavirus A (ロタウイルス A)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.296 Å

データ登録者

Duan, Z. / Sun, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Virol Sin / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Glycan Recognition in Globally Predominant Human P[8] Rotavirus.
著者: Sun, X. / Dang, L. / Li, D. / Qi, J. / Wang, M. / Chai, W. / Zhang, Q. / Wang, H. / Bai, R. / Tan, M. / Duan, Z.

履歴

登録	2019年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年5月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k2o.cif.gz	53.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k2o.ent.gz	35.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k2o_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k2o_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6k2o_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	6k2o_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k2nC 5jdbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1utt-1 6chq-1 5zku-1 4oej-1 6b7a-1 3bk9-2 2g48-2 2hr2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

A: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

A: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

A: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

A: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

A: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
118 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_565	-y,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_455	-x+y-1,-x,z	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,-x,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_455	-x+y-1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_565	x,x-y+1,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.454, 80.454, 116.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質

Outer capsid protein VP4

分子量: 18892.783 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 65-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rotavirus A (ロタウイルス A)
発現宿主:

Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: E2EA82

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 691.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-3DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_b3-c1_c2-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2.0M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.296→50 Å / Num. obs: 10510 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.159 / R_sym value: 0.159 / Net I/σ(I): 22.524
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 4.889 / Num. unique obs: 10510 / R_sym value: 0.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JDB

5jdb

解像度: 2.296→44.711 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2331	506	4.83 %
R_work	0.2035	-	-
obs	0.2049	10481	99.6 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.296→44.711 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1336	0	47	80	1463

LS精密化シェル

解像度: 2.296→2.5 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	126	-
R_work	0.195	2415	-
obs	-	2661	99.6 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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