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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iu2 | |||||||||
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タイトル | Discovery of imidazoquinolines as a novel class of potent, selective and in vivo efficacious COT kinase inhibitors | |||||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / COT / Tpl-2 / MAP3K8 / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / T cell costimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding ...MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / T cell costimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Gutmann, S. / Hinniger, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Discovery of Imidazoquinolines as a Novel Class of Potent, Selective, and in Vivo Efficacious Cancer Osaka Thyroid (COT) Kinase Inhibitors. 著者: Glatthar, R. / Stojanovic, A. / Troxler, T. / Mattes, H. / Mobitz, H. / Beerli, R. / Blanz, J. / Gassmann, E. / Druckes, P. / Fendrich, G. / Gutmann, S. / Martiny-Baron, G. / Spence, F. / ...著者: Glatthar, R. / Stojanovic, A. / Troxler, T. / Mattes, H. / Mobitz, H. / Beerli, R. / Blanz, J. / Gassmann, E. / Druckes, P. / Fendrich, G. / Gutmann, S. / Martiny-Baron, G. / Spence, F. / Hornfeld, J. / Peel, J.E. / Sparrer, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iu2.cif.gz | 251.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iu2.ent.gz | 201 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iu2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iu2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4y85S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37635.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P41279, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7, 1.7 m ammonium sulfate, 0.01 M proline. Protein solution (COT:compound 1:1) was mixed with an equal volume (1 uL) of reservoir solution. Equilibration was done over 500 uL reservoir solution. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→71.66 Å / Num. obs: 20386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.53 % / Biso Wilson estimate: 50.76 Å2 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 12.53 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.81 Å / Rsym value: 0.492 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4Y85 解像度: 2.7→58.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.344 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.344
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.06 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.429 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.7→58.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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