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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ioh | |||||||||
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タイトル | RepoMan-PP1a (protein phosphatase 1, alpha isoform) holoenzyme complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/PROTEIN BINDING / PP1 alpha / RepoMan / Ki-67 / Phosphatase (ホスファターゼ) / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chromosome segregation / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / グリコーゲン / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation ...regulation of chromosome segregation / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / グリコーゲン / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / regulation of mitotic nuclear division / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / ribonucleoprotein complex binding / 脱リン酸化 / positive regulation of protein dephosphorylation / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / chromosome segregation / response to lead ion / 接着結合 / lung development / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / Circadian Clock / presynapse / 染色体 / perikaryon / 樹状突起スパイン / 細胞周期 / 細胞分裂 / glutamatergic synapse / 核小体 / extracellular exosome / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.566 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumar, G.S. / Peti, W. / Page, R. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: The Ki-67 and RepoMan mitotic phosphatases assemble via an identical, yet novel mechanism. 著者: Kumar, G.S. / Gokhan, E. / De Munter, S. / Bollen, M. / Vagnarelli, P. / Peti, W. / Page, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ioh.cif.gz | 140.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ioh.ent.gz | 109.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ioh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5ioh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5ioh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5inbC 5j28C 4movS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34162.148 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1CA, PPP1A / プラスミド: RP1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase #2: タンパク質 | 分子量: 7023.053 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 383-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDCA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q69YH5 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 100 mM Sodium Malonate, 12% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.566→50 Å / Num. obs: 22441 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.017 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 90.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MOV 解像度: 2.566→46.545 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.566→46.545 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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