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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iml | ||||||
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タイトル | Nanobody targeting human Vsig4 in Spacegroup P212121 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Nanobody (ナノボディ) / Complement Receptor / Vsig4 CRIg | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of complement activation, alternative pathway / negative regulation of macrophage activation / complement component C3b binding / complement activation, alternative pathway / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell proliferation / protein-containing complex / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Camelidae (ラクダ科) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wen, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Immunobiology / 年: 2017 タイトル: Structural evaluation of a nanobody targeting complement receptor Vsig4 and its cross reactivity 著者: Wen, Y. / Ouyang, Z. / Schoonooghe, S. / Luo, S. / De Baetselier, P. / Lu, W. / Muyldermans, S. / Raes, G. / Zheng, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iml.cif.gz | 151.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iml.ent.gz | 125.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5iml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5iml | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24606.785 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VSIG4, CRIg, Z39IG, UNQ317/PRO362 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y279 |
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#2: 抗体 | 分子量: 14599.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (ラクダ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: (1) 1.2M sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH7.0 and (2) 0.17M Ammonium sulfate, 15% Glycerol, 25.5% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→47.78 Å / Num. obs: 22570 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 12.79 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→47.78 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.52
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.9195 Å / Origin y: -9.6314 Å / Origin z: 21.8292 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |