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万見
- PDB-5ih2: Structure, thermodynamics, and the role of conformational dynamic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ih2
タイトルStructure, thermodynamics, and the role of conformational dynamics in the interactions between the N-terminal SH3 domain of CrkII and proline-rich motifs in cAbl
要素
  • Adapter molecule crk
  • Proline rich Peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain Polyproline II motif
機能・相同性
機能・相同性情報


PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ARMS-mediated activation / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / response to hepatocyte growth factor / cellular response to endothelin / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin ...PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ARMS-mediated activation / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / response to hepatocyte growth factor / cellular response to endothelin / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / regulation of leukocyte migration / Downstream signal transduction / regulation of intracellular signal transduction / response to peptide / postsynaptic specialization assembly / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / protein phosphorylated amino acid binding / regulation of T cell migration / Cyclin D associated events in G1 / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / reelin-mediated signaling pathway / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of dendrite development / transitional one stage B cell differentiation / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / circulatory system development / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / response to epinephrine / regulation of cellular senescence / response to yeast / Regulation of signaling by CBL / regulation of modification of synaptic structure / regulation of Rac protein signal transduction / delta-catenin binding / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of extracellular matrix organization / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / neuroepithelial cell differentiation / negative regulation of wound healing / microspike assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of extracellular matrix organization / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / negative regulation of cell motility / Myogenesis / bubble DNA binding / activated T cell proliferation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / protein localization to membrane / regulation of Cdc42 protein signal transduction / proline-rich region binding / positive regulation of dendrite development / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / alpha-beta T cell differentiation / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / syntaxin binding / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cardiac muscle cell proliferation / regulation of T cell differentiation / regulation of axon extension / establishment of cell polarity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of GTPase activity / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / negative regulation of cell-cell adhesion / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of smooth muscle cell migration / B cell proliferation / dendrite development / positive regulation of osteoblast proliferation / cell leading edge / positive regulation of Rac protein signal transduction / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of cellular senescence / Bergmann glial cell differentiation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / 学習 / neuromuscular process controlling balance / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of long-term synaptic potentiation / endothelial cell migration / cellular response to nitric oxide / ephrin receptor signaling pathway / regulation of signal transduction / positive regulation of T cell migration / canonical NF-kappaB signal transduction
類似検索 - 分子機能
CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3ドメイン / SH2ドメイン ...CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tyrosine-protein kinase ABL1 / Adapter molecule crk
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Endothia gyrosa (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bhatt, V.S. / Zeng, D. / Krieger, I. / Sacchettini, J.C. / Cho, J.-H.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2016
タイトル: Binding Mechanism of the N-Terminal SH3 Domain of CrkII and Proline-Rich Motifs in cAbl.
著者: Bhatt, V.S. / Zeng, D. / Krieger, I. / Sacchettini, J.C. / Cho, J.H.
履歴
登録2016年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adapter molecule crk
B: Adapter molecule crk
M: Proline rich Peptide
N: Proline rich Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,03711
ポリマ－16,5154
非ポリマー5237
水3,261181
1
A: Adapter molecule crk
M: Proline rich Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4326
ポリマ－8,2572
非ポリマー1754
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area5540 Å2
手法PISA
2
B: Adapter molecule crk
N: Proline rich Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6055
ポリマ－8,2572
非ポリマー3473
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.222, 29.479, 45.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABMN

#1: タンパク質 Adapter molecule crk / / Proto-oncogene c-Crk / p38


分子量: 6971.731 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 134-191 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crk, Crko / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64010
#2: タンパク質・ペプチド Proline rich Peptide


分子量: 1285.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類) / 参照: UniProt: P00520*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 188分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル / Diethylene glycol diethyl ether


分子量: 162.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 11478 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 38.055
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1cka

1cka


解像度: 1.8→45.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24252 612 5.4 %RANDOM
Rwork0.16964 ---
obs0.17323 10714 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.533 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20.1 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1146 0 26 181 1353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.021238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0391.9951656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.4533.0122710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1325138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.84823.42573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17115221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9731513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0240.02280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5381.776556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5361.774555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0962.642694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0962.645695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7922.144682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9272.142683
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2363.09963
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.4516.4111517
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.88415.5481437
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.798→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 48 -
Rwork0.101 762 -
obs--96.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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