PDB-5if0: Crystal structure of VRC01c-HuGL2 Fab from an HIV-1 naive donor i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5if0

タイトル

Crystal structure of VRC01c-HuGL2 Fab from an HIV-1 naive donor in complex with with a germline-targeting gp120 engineered outer domain eOD-GT8 at 2.44 A

要素

Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8
VRC01c-HuGL2 Fab light chain
VRC01cHuGL2 Fab heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / HIV-1 gp120 / engineered outer domain (eOD) / germline targeting / CD4 binding site / VRC01-class naive human germline antibody /

immune system (免疫系) / viral-protein complex /

IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系)

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta /

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Sarkar, A. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: HIV-1 broadly neutralizing antibody precursor B cells revealed by germline-targeting immunogen.
著者: Jardine, J.G. / Kulp, D.W. / Havenar-Daughton, C. / Sarkar, A. / Briney, B. / Sok, D. / Sesterhenn, F. / Ereno-Orbea, J. / Kalyuzhniy, O. / Deresa, I. / Hu, X. / Spencer, S. / Jones, M. / ...

履歴

登録	2016年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5if0.cif.gz	466.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5if0.ent.gz	384.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5if0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5if0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5if0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5idlC 5iesC 5ifaC 4jpkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ies-d 6d2p-d 1slw-1 1slv-1 3rkd-2 7aas-3 2adf-d 7aas-2 3uc0-2 6e62-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VRC01cHuGL2 Fab heavy chain

B: VRC01c-HuGL2 Fab light chain

G: Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8

H: VRC01cHuGL2 Fab heavy chain

I: Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8

L: VRC01c-HuGL2 Fab light chain

ヘテロ分子

136 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VRC01cHuGL2 Fab heavy chain

B: VRC01c-HuGL2 Fab light chain

I: Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8

H: VRC01cHuGL2 Fab heavy chain

L: VRC01c-HuGL2 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.192, 147.578, 103.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.61, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体	VRC01cHuGL2 Fab heavy chain 分子量: 23614.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFUSEss-CHIg-hG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	VRC01c-HuGL2 Fab light chain 分子量: 23816.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFUSEss-CHIg-hG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 GI

#3: タンパク質

Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT8

分子量: 19889.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 77分子

#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.04 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium dihydrogen phosphate, 20% (w/v) PEG3350 and cryo-protected with 25% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.408→44.444 Å / Num. obs: 73979 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 47.6 Å² / CC_1/2: 0.849 / R_sym value: 0.0102 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.4082→2.4399 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155)	精密化
HKL-2000	v706e	データ削減
HKL-2000	v706e	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JPK

4jpk

解像度: 2.44→44.444 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	3676	5.01 %
R_work	0.1908	-	-
obs	0.1929	73411	94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→44.444 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8944	0	61	76	9081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.745	12719
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.964	5615
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1618

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.44-2.4721	0.3781	94	0.3385	1898	X-RAY DIFFRACTION	66
2.4721-2.506	0.3685	141	0.3084	2653	X-RAY DIFFRACTION	94
2.506-2.5418	0.3524	151	0.2903	2725	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5418-2.5797	0.32	139	0.2785	2686	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5797-2.62	0.3193	139	0.2767	2692	X-RAY DIFFRACTION	96
2.62-2.663	0.2984	160	0.2668	2707	X-RAY DIFFRACTION	95
2.663-2.7089	0.3127	130	0.2533	2714	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7089-2.7581	0.3284	131	0.2692	2611	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7581-2.8112	0.3363	121	0.2547	2508	X-RAY DIFFRACTION	87
2.8112-2.8685	0.3292	141	0.2648	2616	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8685-2.9309	0.2527	140	0.2543	2775	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9309-2.9991	0.2612	152	0.2228	2820	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9991-3.0741	0.2459	149	0.2228	2736	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0741-3.1571	0.2109	146	0.2042	2798	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1571-3.25	0.2384	129	0.2117	2788	X-RAY DIFFRACTION	97
3.25-3.3549	0.2663	159	0.2106	2735	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3549-3.4747	0.284	148	0.2045	2736	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4747-3.6138	0.2722	129	0.1954	2627	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6138-3.7782	0.2629	134	0.185	2574	X-RAY DIFFRACTION	89
3.7782-3.9773	0.1856	155	0.1612	2763	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9773-4.2263	0.2223	135	0.1469	2805	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2263-4.5523	0.1599	152	0.1344	2771	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5523-5.0099	0.1759	150	0.1318	2740	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0099-5.7335	0.1516	142	0.1489	2661	X-RAY DIFFRACTION	93
5.7335-7.2186	0.2395	159	0.1843	2823	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2186-44.4533	0.1923	150	0.1758	2773	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3747	0.1951	0.1069	2.9518	0.086	3.4479	0.1755	-0.1345	0.3786	0.1071	0.0135	0.3666	-0.1428	-0.4358	-0.1865	0.2816	-0.0431	0.0835	0.4145	-0.0094	0.5656	169.9574	13.7505	47.9909
2	3.3081	-0.3467	-0.2394	2.7121	0.0667	3.0153	-0.074	0.4211	-0.1176	-0.3257	-0.0189	-0.0129	0.5491	0.0627	0.0993	0.5794	0.013	0.0109	0.4004	0.0462	0.248	219.0662	68.2809	-18.0027
3	2.0272	0.5087	-0.9651	1.7832	-0.973	2.5238	0.0091	0.0837	-0.0596	-0.1384	-0.032	0.0529	0.0583	-0.0749	0.066	0.3078	0.0361	-0.0471	0.2213	-0.0058	0.3062	217.6238	53.1791	29.7273
4	1.0486	0.4135	-1.3172	1.2391	-0.9131	3.2978	-0.0529	0.0915	0.1255	-0.0624	0.0626	0.0429	-0.0963	-0.2502	0.0055	0.3276	0.0826	-0.0514	0.3412	0.0508	0.3485	206.834	66.1298	23.5578
5	2.4449	0.8284	-1.9565	1.2096	-0.8977	2.0183	0.0203	0.2705	-0.1829	-0.0169	0.0408	0.0468	0.0868	-0.1282	-0.0845	0.301	-0.0731	-0.0423	0.3624	-0.094	0.3562	206.6816	16.3459	24.0251
6	1.7041	0.6132	-0.7299	1.6939	-0.5883	2.3155	0.0183	0.0279	0.0039	0.0028	-0.0304	0.1545	-0.0194	-0.0862	0.0058	0.2829	-0.0066	-0.0397	0.2274	-0.029	0.3459	215.2862	28.8287	32.9302

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'G'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'I'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L'

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 GI

-
非ポリマー , 2種, 77分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-抗体 , 2種, 4分子 AHBL

-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 GI

-非ポリマー , 2種, 77分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 GI

-
非ポリマー , 2種, 77分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)