PDB-5i0g: Cycloalternan-degrading enzyme from Trueperella pyogenes in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i0g

タイトル

Cycloalternan-degrading enzyme from Trueperella pyogenes in complex with cycloalternan

要素

Glycoside hydrolase family 31

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

Hydrolase (加水分解酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds /

carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Trueperella pyogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Light, S.H. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Transferase Versus Hydrolase: The Role of Conformational Flexibility in Reaction Specificity.
著者: Light, S.H. / Cahoon, L.A. / Mahasenan, K.V. / Lee, M. / Boggess, B. / Halavaty, A.S. / Mobashery, S. / Freitag, N.E. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2016年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月22日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i0g.cif.gz	302.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i0g.ent.gz	244.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hopC 5hpoC 5hxmC 5i0dC 5i0eC 5i0fC 5f7sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x3j-1 5i0f-d 5x3k-1 1o7p-d 5x3i-2 5x3i-1 5x3j-2 2eab-2 5x3k-2 2hml-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP95722

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Glycoside hydrolase family 31

ヘテロ分子

83.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.368, 103.900, 44.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.32, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 31 /

分子量: 82284.398 Da / 分子数: 1 / 変異: D532A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trueperella pyogenes (バクテリア)
遺伝子: CQ11_05330 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: X4QP62

#2: 多糖

Cyclic alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 化合物

ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 /

コハク酸

分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution: 5.3 mg/ml, 0.25 M NaCl, 0.01 M Tris-HCl pH 8.3 Crystallization condition: JCSG+ (Qiagen) G7: 0.1 M Succinic acid (pH 7.0) and 15% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 48835 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F7S

5f7s

解像度: 2.15→28.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 9.788 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21046	2526	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1717	-	-	-
obs	0.1737	46069	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.656 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.05 Å²	0 Å²	-0.53 Å²
2-	-	-1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→28.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5789	0	52	383	6224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	6025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.937	8229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.94	3	12383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.386	5	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.599	23.125	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.951	15	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.093	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.588	2.143	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.588	2.143	2917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.982	3.211	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.982	3.212	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.813	2.27	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.81	2.267	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.36	3.362	4585
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.346	17.942	7034
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.346	17.948	7035
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	181	-
R_work	0.245	3311	-
obs	-	-	97.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.064	-0.5113	0.0816	10.7165	3.7067	2.971	0.0025	0.018	0.0205	-0.0678	0.0177	-0.2274	-0.0311	0.1168	-0.0201	0.0138	-0.0113	-0.0101	0.0796	0.0116	0.0862	26.7507	26.2519	61.0685
2	3.0078	0.6858	2.1681	1.8959	1.2222	4.7278	-0.0045	-0.0683	0.1992	-0.0122	-0.2368	0.3313	-0.1727	-0.4809	0.2413	0.0685	0.0087	-0.0082	0.1284	-0.0466	0.1699	16.8705	34.3507	63.4778
3	0.4183	0.4578	0.4291	0.8537	1.0449	1.5678	-0.05	-0.0341	0.1086	0.0407	-0.1448	0.1971	0.0162	-0.1289	0.1947	0.1069	-0.0212	-0.0036	0.1455	-0.0127	0.2021	20.5308	28.6207	63.4174
4	1.6195	0.5022	-0.3363	6.5597	-0.7145	1.7943	-0.0853	0.1091	0.0385	-0.289	0.1237	0.146	-0.0354	-0.0713	-0.0385	0.0385	0.0042	-0.0532	0.1039	0.0031	0.122	8.6329	13.2661	42.1786
5	2.3187	0.2335	0.7784	1.2342	-0.0764	0.8051	-0.035	-0.0106	-0.0082	0.0155	0.0223	0.171	-0.0318	-0.0987	0.0127	0.0048	0.0078	-0.0089	0.0334	-0.0144	0.0596	18.6898	4.3083	49.5644
6	0.6941	-0.2185	0.1191	1.6549	-2.1958	2.9828	0.1011	0.1171	0.309	-0.0887	-0.1926	-0.1195	0.0084	0.162	0.0916	0.4493	0.1218	-0.0275	0.3737	0.0034	0.3123	16.5554	21.7872	35.3808
7	1.0467	-0.1617	0.3408	0.7747	-0.1156	0.4969	-0.0433	0.0447	0.0064	0.0457	0.019	-0.0961	-0.0069	0.0672	0.0244	0.026	0.0039	-0.0037	0.0549	0.0031	0.0141	50.5433	-0.0585	51.2588
8	0.3336	0.0829	-0.0297	0.6672	-0.0638	0.4174	-0.0256	0.0099	0.0486	0.0407	-0.0054	0.0175	-0.0344	0.0198	0.031	0.0153	0.0073	-0.018	0.0344	-0.0043	0.0334	41.0413	5.2176	52.3612
9	0.8073	-0.0938	0.4485	0.7738	-0.0452	5.7286	-0.024	-0.0507	-0.0674	0.1118	-0.0758	-0.0315	0.4007	0.3314	0.0998	0.057	0.0112	0.004	0.0424	0.0045	0.0776	41.9687	-20.1721	55.6305
10	1.0211	-0.0588	0.3088	1.657	-0.2943	1.4519	0.0412	0.0417	-0.19	-0.0468	-0.0312	0.1906	0.2387	-0.0926	-0.01	0.0673	-0.01	-0.0082	0.0585	-0.0112	0.1264	24.7366	-21.1717	49.6971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	18 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	56 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	142 - 172
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	173 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	259 - 265
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	266 - 397
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	398 - 610
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	611 - 640
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	641 - 732

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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