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- PDB-5i0e: Cycloalternan-degrading enzyme from Trueperella pyogenes in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i0e
タイトルCycloalternan-degrading enzyme from Trueperella pyogenes in complex with isomaltose
要素Glycoside hydrolase family 31
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / hydrolase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoside hydrolase family 31
類似検索 - 構成要素
生物種Trueperella pyogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Light, S.H. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Transferase Versus Hydrolase: The Role of Conformational Flexibility in Reaction Specificity.
著者: Light, S.H. / Cahoon, L.A. / Mahasenan, K.V. / Lee, M. / Boggess, B. / Halavaty, A.S. / Mobashery, S. / Freitag, N.E. / Anderson, W.F.
履歴
登録2016年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年2月22日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glycoside hydrolase family 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9866
ポリマ－82,3281
非ポリマー6585
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.634, 103.382, 44.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 31


分子量: 82328.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trueperella pyogenes (バクテリア)
遺伝子: CQ11_05330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X4QP62
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein solution: 8.0 mg/ml, 0.5 M NaCl, 0.01 M Tris-HCl pH 8.3 Crystallization condition: PACT (Qiagen) B11: 0.2 M Calcium chloride, 0.1 m MES pH 6, and 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 37721 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F7S

5f7s


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 14.036 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22145 2007 5.3 %RANDOM
Rwork0.17424 ---
obs0.17679 35713 98.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.324 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å2-0 Å21.45 Å2
2---1.34 Å2-0 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5614 0 38 281 5933
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9337957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.961312002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.535700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.93122.973296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38815849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6431551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.572.0372809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.572.0372808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9973.0523506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9963.0523507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6592.1383020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6592.1383020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1043.1794452
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.6817.1136701
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.6817.0936699
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.309→2.369 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 137 -
Rwork0.269 2522 -
obs--94.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1691-0.73540.50834.3988-1.58251.9194-0.0753-0.0020.03680.1698-0.0194-0.4535-0.1915-0.04230.09460.269-0.00860.02980.2417-0.01380.6878-23.123227.65815.6428
26.2218-0.211-4.10861.9375-0.68256.5419-0.2402-0.0118-0.26620.216-0.0603-0.73860.34130.29250.30050.2322-0.0165-0.04950.20640.05420.6759-18.494816.730822.1316
32.81161.8059-3.01012.2159-2.05896.71870.0046-0.1814-0.0787-0.0678-0.2475-0.61160.09370.45370.2430.21090.0262-0.03250.25510.07260.6269-19.01816.095222.9642
40.74760.17670.0552.5818-0.02650.4306-0.17970.0542-0.3386-0.4060.0483-1.02770.1020.12350.13130.1861-0.01130.17980.1901-0.03930.674-15.308344.37092.4631
511.76447.4183-6.83246.8941-0.8999.358-0.3831.6370.2226-0.10050.57290.31690.3003-1.6139-0.18990.2881-0.03270.1630.3266-0.0380.6975-21.354726.846-4.1965
61.57590.5928-0.23212.3136-0.04180.5495-0.15530.1231-0.0195-0.24920.07490.1672-0.0067-0.12140.08040.1315-0.0258-0.07760.127-0.02540.0671-49.409854.03625.202
75.1222-1.42560.63541.3992-1.08322.42-0.1552-0.3174-0.51650.04970.05210.03510.02280.05210.10310.2022-0.07340.00630.1568-0.03060.3594-46.095131.12839.4344
81.52220.4528-0.11841.7879-0.09550.6534-0.09920.05750.0239-0.16460.049-0.2357-0.0543-0.01190.05020.1104-0.0105-0.03720.1108-0.01120.076-35.249861.22526.2698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3B53 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4B123 - 254
5X-RAY DIFFRACTION5B255 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6B263 - 394
7X-RAY DIFFRACTION7B395 - 430
8X-RAY DIFFRACTION8B431 - 732

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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