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- PDB-5x3j: Kfla1895 D451A mutant in complex with cyclobis-(1->6)-alpha-nigerosyl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x3j
タイトルKfla1895 D451A mutant in complex with cyclobis-(1->6)-alpha-nigerosyl
要素Glycoside hydrolase family 31
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


1,3-alpha-isomaltosidase / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Lmo2446, N-terminal CBM-like domain / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II ...: / Lmo2446, N-terminal CBM-like domain / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-alpha-isomaltosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Kribbella flavida DSM 17836 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Chen, M. / Tagami, T. / Yao, M. / Kimura, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glycoside hydrolase mutant in complex with substrate
著者: Tanaka, Y. / Chen, M. / Tagami, T. / Yao, M. / Kimura, A.
履歴
登録2017年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 31
B: Glycoside hydrolase family 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,44030
ポリマ－164,6332
非ポリマー3,80728
水10,665592
1
A: Glycoside hydrolase family 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,68920
ポリマ－82,3171
非ポリマー2,37219
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
2
B: Glycoside hydrolase family 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,75210
ポリマ－82,3171
非ポリマー1,4359
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.538, 180.538, 391.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1266-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 31 /


分子量: 82316.641 Da / 分子数: 2 / 変異: D451A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kribbella flavida DSM 17836 (バクテリア)
株: DSM 17836 / 遺伝子: Kfla_1895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2PPM7
#2: 多糖 Cyclic alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D- ...Cyclic alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,4,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a1-d6_a3-b1_b6-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.8 M lithium sulfate, 0.1 M imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.4 Å / Num. obs: 108703 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.58 % / Net I/σ(I): 16.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.3→48.402 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 1999 1.84 %
Rwork0.1894 --
obs0.1897 108669 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11254 0 224 592 12070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02116128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6084136
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052092
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.35760.28251400.24617504X-RAY DIFFRACTION99
2.3576-2.42140.26841430.23717600X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.49260.24441410.22467537X-RAY DIFFRACTION100
2.4926-2.57310.28791420.22447547X-RAY DIFFRACTION100
2.5731-2.6650.2621410.22287554X-RAY DIFFRACTION100
2.665-2.77170.23631430.21947609X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.89780.22011420.21657576X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.05060.24281430.21287617X-RAY DIFFRACTION100
3.0506-3.24170.23621420.20567579X-RAY DIFFRACTION100
3.2417-3.49190.18911420.19577620X-RAY DIFFRACTION100
3.4919-3.84320.22391440.17837649X-RAY DIFFRACTION100
3.8432-4.3990.18951440.16037680X-RAY DIFFRACTION100
4.399-5.5410.1391440.15227691X-RAY DIFFRACTION100
5.541-48.41270.17661480.16517907X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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