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- PDB-5hu0: BACE1 in complex with 4-(3-(furan-2-carboxamido)phenyl)-1-methyl-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hu0
タイトルBACE1 in complex with 4-(3-(furan-2-carboxamido)phenyl)-1-methyl-5-oxo-4-phenylimidazolidin-2-iminium
要素Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ALZHEIMER'S (アルツハイマー病) / ASPARTYL PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / amyloid-beta binding / peptidase activity / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 神経繊維 / 小胞体 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-66H / L(+)-TARTARIC ACID / Β-セクレターゼ1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Orth, P.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of the 3-Imino-1,2,4-thiadiazinane 1,1-Dioxide Derivative Verubecestat (MK-8931)-A beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor for the Treatment of Alzheimer's Disease.
著者: Scott, J.D. / Li, S.W. / Brunskill, A.P. / Chen, X. / Cox, K. / Cumming, J.N. / Forman, M. / Gilbert, E.J. / Hodgson, R.A. / Hyde, L.A. / Jiang, Q. / Iserloh, U. / Kazakevich, I. / Kuvelkar, ...著者: Scott, J.D. / Li, S.W. / Brunskill, A.P. / Chen, X. / Cox, K. / Cumming, J.N. / Forman, M. / Gilbert, E.J. / Hodgson, R.A. / Hyde, L.A. / Jiang, Q. / Iserloh, U. / Kazakevich, I. / Kuvelkar, R. / Mei, H. / Meredith, J. / Misiaszek, J. / Orth, P. / Rossiter, L.M. / Slater, M. / Stone, J. / Strickland, C.O. / Voigt, J.H. / Wang, G. / Wang, H. / Wu, Y. / Greenlee, W.J. / Parker, E.M. / Kennedy, M.E. / Stamford, A.W.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22017年1月4日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0086
ポリマ－91,9592
非ポリマー1,0494
水16,664925
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5043
ポリマ－45,9801
非ポリマー5242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5043
ポリマ－45,9801
非ポリマー5242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.475, 89.822, 131.134
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Β-セクレターゼ1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 45979.578 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-66H / N-{3-[(2E,4R)-2-imino-1-methyl-5-oxo-4-phenylimidazolidin-4-yl]phenyl}furan-2-carboxamide


分子量: 374.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 3350, 200MM NA/K TARTRATE, 100MM HEPES PH7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→20 Å / Num. obs: 88997 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.007 / Net I/av σ(I): 11.379 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 361899
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.83-1.863.80.52.7196.1
1.86-1.93.70.4662.9196.2
1.9-1.933.70.4173.1196.1
1.93-1.973.70.3673.3196.6
1.97-2.013.70.3383.5196.7
2.01-2.063.90.3093.8197.1
2.06-2.113.90.2754.2197.6
2.11-2.1740.2634.4197.6
2.17-2.234.10.2315198.2
2.23-2.314.10.2125.6198.3
2.31-2.394.10.1946.2198.6
2.39-2.484.20.1846.5198.8
2.48-2.64.20.1597.2199.1
2.6-2.734.20.1358.5199.1
2.73-2.94.20.10910.2199.4
2.9-3.134.20.08811.8199.4
3.13-3.444.40.06715.3199.8
3.44-3.934.50.04721.7199.9
3.93-4.944.50.03825.91100
4.94-204.30.03825.2199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
BUSTER2.11.6精密化
AMoRE位相決定
精密化解像度: 1.83→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9542 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9408 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 3589 4.04 %RANDOM
Rwork0.169 84480 --
obs0.1702 88928 98.25 %-
原子変位パラメータBiso max: 105.54 Å2 / Biso mean: 17.5195 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5385 Å20 Å20 Å2
2---3.2333 Å20 Å2
3---0.6948 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.226 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6108 0 76 925 7109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.464
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 237 3.73 %
Rwork0.2102 6120 -
all0.2114 6357 -
obs--95.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.paramMSI_CNX_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.paramMSI_CNX_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION3MSI_CNX_TOPPAR:ion.paramMSI_CNX_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION4paratartrate.protoptartrate.pro
X-RAY DIFFRACTION5parasch777715.protopsch777715.pro

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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