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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hlx | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of met F43H/H64A sperm whale myoglobin in complex with nitrite | ||||||
要素 | Myoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE / myoglobin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Yuan, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nitric Oxide / 年: 2016 タイトル: Regulating the nitrite reductase activity of myoglobin by redesigning the heme active center 著者: Wu, L.B. / Yuan, H. / Gao, S.Q. / You, Y. / Nie, C.M. / Wen, G.B. / Lin, Y.W. / Tan, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hlx.cif.gz | 55 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hlx.ent.gz | 36.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hlx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5hlx_validation.pdf.gz | 858.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5hlx_full_validation.pdf.gz | 860.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5hlx_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5hlx_validation.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/5hlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/5hlx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17158.855 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-154 / 変異: F43H/H64A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30%(w/v) Polyethylene glycol 8,000, 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.988 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.988 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 25250 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 20.08 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Mean I/σ(I) obs: 20.1 / Rsym value: 0.099 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OF9 解像度: 1.5→35.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.955 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.775 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→35.37 Å
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拘束条件 |
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